Die Gemeinde liegt im Tal Fontanabuona an den Hängen des Monte Pagliaro. Favale di Malvaro befindet sich in einer Entfernung von 55 Kilometern zur ligurischen Hauptstadt Genua.
Nach der italienischen Klassifizierung bezüglich seismischer Aktivität wurde die Gemeinde der Zone 4 zugeordnet. Das bedeutet, dass sich Favale di Malvaro in einer seismisch inerten Zone befindet.[2]