Seine erste Stelle als Rektor erhielt er 1586 an der Lateinschule in Gardelegen. Im Zuge der politisch-konfessionellen Wende nach dem Tod des Kurfürsten August ging Crusius 1587 als Rektor an die Lateinschule in Chemnitz. Um 1588 erwarb er in der zu dieser Zeit philippistisch ausgerichteten Universität Wittenberg (bei Petrus Albinus) den Magistergrad. Am 12. Mai 1589 heiratete er in der Chemnitzer Jakobikirche Katharina Ströer, Tochter des Chemnitzer Ratsherrn Lorentz Ströer. Auf einen Ruf des Rats der Stadt Schneeberg ging Crusius 1596 als Rektor an die dortige Lateinschule. Hier wurde er trotz seiner bereits 1592 vollzogenen Unterschrift unter die Visitationsartikel als Kryptocalvinist diffamiert. Darauf kündigte Crusius 1597 seinen Dienst und ging mit der Unterstützung seines Schülers Hildebrand von Einsiedel 1598 als Pfarrer in das kleine Dorf Syhra. 1611 war er für kurze Zeit Pfarrer in Auerbach bei Zwickau. Er schied 1612 aus Krankheits- oder Altersgründen aus dem Dienst und zog als Emeritus nach Kohren, später nach Chemnitz, wo er bis zu seinem Tod lebte.
Balthasar Crusius hatte elf Kinder, von denen sieben ihn überlebten. Sein jüngster Sohn Atlas Crusius wurde später Bürgermeister von Chemnitz und verwaltete die Stadt nach dem Dreißigjährigen Krieg.
Werk
Crusius war Verfasser zahlreicher Gelegenheitsgedichte und Psalmenauslegungen und trat insbesondere als Dramatiker hervor. Neben einer dramentheoretischen Abhandlung von 1609 (De Dramatibus) schrieb er vier geistliche Schuldramen: Tobias (1585), Judith, Exodus (beide 1605), Paulus naufragus (1609). Den Konflikt zwischen Kaiser- und Papsttum schildert sein in deutschen Knittelversen verfasstes Stück Tragoedia nova, von eim gedenckwirdigen Vened. Vertrage zwischen Keyser Friedrich dem Ersten und Papst Alexander dem Dritten von 1607.
Für seine Schüler übersetzte Crusius zahlreiche altkirchliche Hymni ins Griechische, komponierte dazu vierstimmige Sätze und folgte damit den didaktischen Lehren Philipp Melanchthons.
Irene Crusius: „Nicht calvinistisch, nicht lutherisch“: Zu Humanismus, Philippismus und Kryptocalvinismus in Sachsen am Ende des 16. Jahrhunderts, in: Archiv für Reformationsgeschichte, Band 9 (2008), S. 139–175.