Der Sohn polnisch-jüdischer Einwanderer, die eine Druckerei betrieben, studierte an der Yale University.
1957 übernahm er für Paramount Pictures zum ersten Mal die Produktion eines Films: Die Nacht kennt keine Schatten, eine Sportlerbiografie über den bipolaren Baseballer Jimmy Piersall mit Anthony Perkins in der Hauptrolle. Dieser Film bildete zugleich seine erste Zusammenarbeit mit dem Regisseur Robert Mulligan, mit dem er in den folgenden Jahren eine künstlerische Partnerschaft aufbaute. 1962 gründeten sie die „Pakula-Mulligan Productions“, deren erste Produktion, die Literaturverfilmung Wer die Nachtigall stört (1962) mit Gregory Peck, gleich zu einem Welterfolg wurde. Als Produzent von Wer die Nachtigall stört (1962) war Pakula 1963 für den Oscar nominiert.
Alan Pakula war von 1963 bis 1971 mit der Schauspielerin Hope Lange verheiratet. 1973 ging er mit Hannah Cohn Boorstin seine zweite Ehe ein. Er starb im November 1998 mit 70 Jahren bei einem Autounfall auf dem Long Island Express Highway.
Jared Brown: Alan J. Pakula – His Films and his life. Back Stage Books, New York 2005, ISBN 0-8230-8799-9.
Bernd Hantke: Alan J. Pakula. In: Thomas Koebner (Hrsg.): Filmregisseure. Biographien, Werkbeschreibungen, Filmographien. 3., aktualisierte und erweiterte Auflage. Reclam, Stuttgart 2008, ISBN 978-3-15-010662-4, S. 569–571.