Das 1000-km-Rennen von Fuji 1999, auch Le Mans Fuji 1000 Kilometres, Fuji Speedway, fand am 7. September dieses Jahres auf dem Fuji Speedway statt. Das Rennen zählte zu keiner Rennserie.
Das 1000-km-Rennen von Fuji galt als Testlauf für eine mögliche Sportwagen-Rennserie in Japan und Asien. Ende 1998 hatte der US-amerikanische Unternehmer und Rennorganisator Don Panoz die American Le Mans Series ins Leben gerufen, die 1999 ihre erste Saison hatte. Auch das Petit Le Mans 1998 wurde als Testrennen für eine neue Serie veranstaltet, hatte eine große Anzahl an Teilnehmern und wurde als Erfolg gewertet. Das 1000-km-Rennen von Fuji wurde in enger Abstimmung mit dem Automobile Club de l’Ouest, dem Veranstalter der 24-Stunden-Rennens von Le Mans, organisiert. Neben Rennklassen aus der japanischen Super GT waren Fahrzeuge der Le-Mans-Rennklassen LMP, LMGTP, GTS und GT startberechtigt. Die jeweiligen Klassensieger des ACO sollten eine automatische Einladung für das 24-Stunden-Rennen von Le Mans 2000 erhalten. Die Meldungen für das Rennen blieben jedoch weit hinter den Erwartungen der Veranstalter zurück. BMW zeigte erste Interesse am Rennen, die von Schnitzer Motorsport betreuten V12 LMR kamen aber nicht nach Asien. Sowohl Nissan als auch Toyota stellte Ende des Jahres die Sportwagenaktivitäten ein. Das war der Hauptgrund, dass sich nach dem 1000-km-Rennen keine Rennserie etablierte, da nunmehr ein japanischer Hersteller für die LMP-Klassen fehlte. Erst 2006 gab es mit der Japan Le Mans Challenge eine Sportwagenserie auf Basis des ACO-Reglements in Japan.
Nissan Motorsports International meldete einen R391 für Érik Comas, Satoshi Motoyama und Masami Kageyama. Der ehemalige Ligier- und Larrousse-Formel-1-Pilot Comas war der dominierende Super-GT-Pilot der letzten beiden Jahre und bereits einige Male Rennpartner von Motoyama und Kageyama. Den letzten Renneinsatz des Toyota GT-One, in der Meldeliste als Toyota TS020, bestritten Ukyō Katayama, Toshio Suzuki und Keiichi Tsuchiya. Das japanische Trio hatte beim 24-Stunden-Rennen von Le Mans hinter Joachim Winkelhock, Pierluigi Martini und Yannick Dalmas im BMW V12 LMR den zweiten Gesamtrang erreicht und lieferte sich mit der Nissan-Mannschaft einen langen Zweikampf um den Gesamtsieg. Entscheiden wurde dieser vor allem durch die schnelleren Boxenstopps bei Nissan, wo man mit dem offenen Spyder wesentlich weniger Zeit bei den Fahrerwechseln verlor als bei Toyota mit dem geschlossenen GT-One. Im Ziel hatte das Nissan-Team eine Runde Vorsprung auf den GT-One. Gesamtdritter wurde der BMW V12 LM des Teams Goh. Der Wagen mit der Fahrgestellnummer 002/98 war der ehemalige Einsatzwagen von Martini, Winkelhock und Johnny Cecotto in Le Mans 1998.
Hier finden sich Teams, Fahrer und Fahrzeuge, die ursprünglich für das Rennen gemeldet waren, aber aus den unterschiedlichsten Gründen daran nicht teilnahmen.
