Southern League 1899–1900 var den sjette sæson af den engelskefodboldligaSouthern League. Ligaen havde deltagelse af 28 hold, der var opdelt i to divisioner med 17 og 11 hold, der hver spillede en dobbeltturnering alle-mod-alle. Division One blev vundet af Tottenham Hotspur FC, som dermed vandt ligaen for første gang.
K: Kampe spillet, V: Vundne kampe, U: Uafgjorte kampe, T: Tabte kampe, Mf: Mål for, Mi: Mål imod, +/-: Målkvotient, P: Point
Testkampe
De to lavest placerede hold i Division One spillede testkampe mod nr. 1 og 2 i Division Two op- og nedrykning mellem divisionerne. Resultaterne medført, at Watford FC blev rykket op, mens Sheppey United FC til gengæld blev rykket ned.