Præsidentvalget i Tyskland 1999 blev afholdt blandt repræsentanterne i Forbundsforsamlingen, som den 23. maj 1999 valgte Johannes Rau (SPD) som ny forbundspræsident.
Modkandidaterne var fra CDU/CSU var Dagmar Schipanski og fra PDS Uta Ranke-Heinemann, datter af tidligere forbundspræsident Gustav Heinemann.
Forbundsforsamlingen var sammensat af 1338 medlemmer, og kravet til absolut flertal var dermed 670 stemmer.