V soubojích 11. ročníku Středomoravského župního přeboru 1998/99 (jedna ze skupin 5. fotbalové ligy) se utkalo 15 týmů každý s každým dvoukolovým systémem podzim–jaro. Tento ročník začal v srpnu 1998 a skončil v červnu 1999.
Před začátkem jarní části odstoupilo mužstvo SK Slovácká Viktoria Bojkovice, jehož výsledky byly anulovány a stalo se prvním sestupujícím.[1] Soutěž dohrál lichý počet mužstev (15), totéž se opakovalo v sezoně 2006/07.
Zdroje: [3][4]
Poznámky:
1969/70 • 1970/71 • 1971/72 • 1972 – 1991 • 1991/92 • 1992/93 • 1993/94 • 1994/95 • 1995/96 • 1996/97 • 1997/98 • 1998/99 • 1999/00 • 2000/01 • 2001/02
2002/03 • 2003/04 • 2004/05 • 2005/06 • 2006/07 • 2007/08 • 2008/09 • 2009/10 • 2010/11 • 2011/12 • 2012/13 • 2013/14 • 2014/15 • 2015/16 • 2016/17 • 2017/18 • 2018/19 • 2019/20 • 2020/21 • 2021/22 • 2022/23