Na středním toku teče převážně v jednom korytě. Dolina je široká 10 až 15 km a je ohraničena prudkými břehy. Pod ústím Missouri teče její kalná a blátivávoda v délce 150 až 180 km vedle sebe s víceméně průzračnou vodou Mississippi.
Dolní tok
Na dolním toku protéká rozsáhlou rovinou tvořenou naplavenýmiusazeninami. Šířka říčního údolí se postupně zvyšuje z 25 na 70 až 100 km. Koryto je členité a vytváří četná ramena včetně slepých. Nízký sklon toku řeky a její délka způsobují časté vytváření meandrů. Ty vytvářejí labyrint průtoků, říčních jezer a rozsáhlých nivníchmokřadů, které jsou zaplavovány při povodních. Koryto je zde téměř všude obehnáno přirozenými břehovými valy, které jsou opevněny systémem protipovodňových hrází s cílem zabránit zavodnění okolní krajiny. Celková délka těchto hrází dosahuje přibližně 4000 km. Mezi valy teče řeka místy nad úrovní okolní krajiny.
Delta
Ústí do Mexického zálivu, přičemž vytváří rozsáhlou deltu, která začíná pod městem Baton Rouge, má lopatovitý tvar a její rozloha činí přibližně 36 000 km². Prodlužuje se směrem do moře o 85 až 100 m za rok, díky přibližně 400 Mtnánosů, které řeka přináší. V konečné fázi se delta rozděluje na šest základních poměrně krátkých ramen o délce 20 až 40 km, která ústí do Mexického zálivu. Hlavním z nich je jihozápadní Southwest-Pass, kterým protéká asi 30 % odtoku. Při povodních na dolním toku se část vod na východě přelévá do jezera Pontchartrain, které se nachází u města New Orleans a využívá se právě pro jejich zachycení a ochránění zmíněného města. Na západě se pak část vod přelévá do koryta řeky Atchafalaya, která teče paralelně s Mississippi ve vzdálenosti 15 až 40 km a ústí také do Mexického zálivu.
Zdrojem vody jsou sněhové i dešťovésrážky. Pravé přítoky přivádějí převážně vodu z roztátého sněhu a ledu ve Skalnatých horách a naopak levé přítoky přivádějí vody z dešťů a průtrží mračen. Pro režim řeky jsou charakteristické jarní a letní vzestupy hladiny a prudké dešťové povodně. K nejvyšším povodním dochází, když se potkají období tání sněhu v povodí horní Mississippi a v povodí Missouri s obdobím vydatných dešťů v povodí Ohia, která má na soutoku značně větší průtok než Mississippi. Největší povodně nastaly v letech 1844, 1903, 1913, 1927, 1937, 1947, 1951, 1952 a 1965. Ani hydrotechnické stavby na dolním toku nemohou plně ochránit sídla a pole v údolí řeky. Roční průměrný průtok v deltě je roven 19 000 m³/s a při katastrofálních povodních narůstá na 50 000 až 80 000 m³/s. V létě naopak klesá na 3000 až 5000 m³/s. Průměrný roční rozsah kolísání úrovně hladiny dosahuje 7,2 m (u Saint Paul), 14,3 m (u St. Louis), 18,3 m (u Cairo), 5 až 6 m (u New Orleans). Na horním toku řeka zamrzá na tři až čtyři měsíce.