Minoritský řád přišel do Brna někdy mezi lety 1227 a 1239. Společně se vznikem klášterního provizoria byl postaven i provizorní kostelík svatého Jana Křtitele, jehož pozůstatky byly údajně nalezeny při stavebních pracích v roce 1722.[2] V polovině 13. století vznikl definitivní chrám, který byl roku 1257 vysvěcen olomouckým biskupemBrunem ze Schauenburku. O pět let později byl celý areál kláštera postižen požárem.[3] Donátorem obnovy stavby se stal Mikuláš Opavský, jenž také společně s chotí Anežkou našel v kostele místo posledního odpočinku.[4] Původně se měl stát rodovým pohřebištěm opavských Přemyslovců.[5]
Po klášterní novostavbě a opravách kostela existoval na začátku 14. století minoritský chrám, jenž je v obvodových zdech zachován dodnes. V severním rohu mezi lodí a kněžištěm stála štíhlá věž. V této gotické trojlodní podobě zůstal chrám až do 17. století, kdy byla roku 1678 věž zbořena.
Barokní přestavba
K výrazným úpravám došlo v první polovině 18. století: v sousedství kostela byla postavena loretánská kaple, konvent byl rozšířen a klášterní kostel byl zbarokizován ve dvou etapách Mořicem Grimmem. Nejprve byl v roce 1722 upraven presbytář, který dostal novou klenbu a nová okna, následně v letech 1729–1733 byla přestavěna hlavní loď. Grimm nechal strhnout sloupy trojlodí (chrám je nyní jednolodní) a původní klenbu, kterou nechal nahradit novou barokní, zesílil obvodové zdi, prodloužil loď o jedno pole a vystavěl nové průčelí v duchu dynamického baroka.[3] V této podobě existuje kostel svatého Jana Křtitele a Jana Evangelisty dodnes.
Farním kostelem
Dne 1. září 1784 se minoritský chrám při reorganizaci farní správy nově stal farním kostelem pro jednu třetinu tehdejšího Brna (tedy třetinu dnešního historického centra).[6] Farnost byla později rozšířena do oblasti Cejlu.