Za války se snažil vyhnout narukování na frontu, proto začal na Akademii v Mnichově studovat restaurování. To však znamenalo jen odklad, a vojenskou službu nastoupil na podzim 1917 v Jindřichově Hradci u 75. pěšího pluku. V té době maloval obrazy s válečnou tematikou.[4] Po skončení války se usadil v Praze a přihlásil ke studiu dějin umění a francouzštiny na filozofické fakultě. V červnu 1919 se oženil s malířkou Hanou Jedličkovou a v březnu 1920 se jim narodila dcera Jana. Brzy na to dostal po španělské chřipce těžký zápal plic, jemuž 15. července1920 podlehl. Pohřben byl v rodinném hrobě na hřbitově v Pacově.
↑BIRNBAUMOVÁ, Alžběta. Malíř Jan Autengruber. 1. vyd. [s.l.]: Krajské nakladatelství Havlíčkův Brod, 1960. 33 s., 36 obrazových příloh.
↑ abHUDEC, Adam. OBRAZEM: Muzeum zve na jindřichohradecká zastavení malíře Jana Autengrubera. Jindřichohradecký deník. 2017-11-08. Dostupné online [cit. 2020-11-20].