Po zdrcující osmanské porážce v bitvě u Vídně (1683) bylo jím vedené povstání v letech 1683 až 1685 postupně zlikvidováno habsburskými vojsky a Tököly byl nucen uprchnout z Uher, což znamenalo zánik i jeho Hornouherského knížectví. V následujících letech byl několikrát podezříván ze strany Osmanů, byl dokonce i uvězněn, ale poté se opět ujal velení nad tureckými vojsky v Sedmihradsku proti Habsburkům a byl střídavě úspěšný. Ztracené území se mu získat zpět již nepodařilo.
