Jeho otcem byl hrabě Jindřich Chotek,[3] bratrem politik Emerich Chotek. Ferdinand se roku 1869 oženil s hraběnkou Josefou Sweerts-Sporckovou.[1]
Vystudoval práva na Karlo-Ferdinandově univerzitě v Praze. Od roku 1857 nastoupil do státní správy. Vedl okresní hejtmanství v Týně nad Vltavou. Pak se stáhl do soukromí. Roku 1871 koupil zámek a statek Volšovy u Sušice. V roce 1876 se stal okresním starostou v Sušici. Byl nositelem titulu c. k. komořího.[3][1]
V 90. letech 19. století se zapojil i do celostátní politiky. V doplňovacích volbách roku 1894 získal mandát na Říšské radě za velkostatkářskou (nefideikomisní) kurii v Čechách. Slib složil v březnu 1894. Uspěl pak za týž obvod i v řádných volbách do Říšské rady roku 1897 a volbách do Říšské rady roku 1901. Rezignace na poslanecké křeslo byla oznámena na schůzi 26. září 1905.[8] K roku 1901 se profesně uvádí jako komoří a statkář.[9]