La Copa del Rei de futbol 2008-09 fou la 32a edició de la competició i la 105a si tenim en compte els diferents noms que ha rebut la Copa d'Espanya des de la seva creació. En la present edició el València CF defensava el títol aconseguit en la temporada anterior.
El FC Barcelona resultà campió del torneig després de vèncer la final contra l'Athletic Club, aconseguit així el vint-i-cinquè títol de la seva història. La competició es disputa entre el 27 d'agost de 2008 i el 13 de maig de 2009. Hi participaren un total de vuitanta-tres equips, tots els de Primera i Segona divisions de la temporada anterior (excepte el Sevilla Atlético com a filial) a més de vint-i-quatre equips de Segona B (els 6 primers de cada grup) i divuit de Tercera (tots els campions de grup).
La primera eliminatòria la disputen trenta-sis equips: tots els de Segona B i Tercera. No s'inclouen els sis que quedaren exempts: UD Fuerteventura, Benidorm CD, SD Lemona, Mérida UD, Zamora CF i Granada 74. Quedaren sortejats en divuit eliminatòries amb només un encontre.
La Segona eliminatòria la disputen quaranta-quatre conjunts: els divuit supervivents de la primera, els sis exempts i vint dels equips de Segona. L'Albacete Balompié en queda exempt. Els equips es divideixen en trenta-quatre emparellaments, tenint en compte que els de Segona només poden enfrontar-se entre ells mateixos. El partit entre l'Alacant CF i el Celta de Vigo es va disputar el dia 4 de setembre en coincidir que l'Hércules Club de Fútbol també dispitava el seu partit com a local al Rico Pérez. Tanmateix l'encontre entre el Gavà i la Universidad de Las Palmas es jugarà l'11 de setembre pel replantament de la gespa d'La Bòbila.
La Tercera eliminatòria la disputen els vint-i-tres equips provinents de les rondes anteriors. Tres són de Tercera divisió, nou de Segona B i onze de Segona divisió. Els de Tercera i Segona s'enfronten entre ells en sis eliminatòries a partit únic, mentre que els de segona fan el mateix en altres cinc partits. El Reial Múrcia queda exempt en aquesta ronda.
En aquesta eliminatòria entren els equips de primera divisió.
En aquesta eliminatòria es decideixen en emparellaments per sorteig pur.
En aquesta eliminatòria es decideixen en aparellaments per sorteig pur. Aquest sorteig va decidir qui actuaria com a local i qui com a visitant a la final.
Àrbitre: Luis Medina Cantalejo