Tetratrikopeptidni ponavljajući protein 39C je protein koji je kod ljudikodirangenomTTC39C. TTC39C je jedan od tri TTC39.[5] Njegova funkcija je dosad nepoznata; međutim, postoje neki dokazi koji sugeriraju da igra ulogu u anafazi.[6][7] Sadrži i relativno dobro okarakterizirani strukturni motiv koji se naziva tetratrikopeptidno ponavljanje (TPR).
Gen
TTC39C nalazi se na dugom (q) kraku ljudskog hromosoma 18, pozicija 18q11.2.[8] Its most common aliases are FLJ33761, C18orf17, and HsT2697.[8]
Protein TTC39C dugačak je 583 aminokiseline i lokaliziran je u citoplazmi ćelije, na osnovu njegove predviđene sekundarne strukture.[9] Ima tri izoforme, od kojih je najduža varijanta 1. transkripta.[8] Sadrži tri ponavljanja tetratrikopeptida, kao i domen nepoznate funkcije DUF3808. Proteinski proizvod ima molekulsku težinu 65,9 kDa i izoelektričnu tačku 6,584.[10][11] Postoji nekoliko predviđenih lokacija fosforilacija, acetilacija i palmitoilacija, koje su prikazane u donjoj tabeli.[12] Njegova cijela predviđena sekundarna struktura sastoji se gotovo u cijelosti od alfa-heliksa i tvori tercijarnu strukturu za koju se predviđa da se podudara sa strukturom proteina cut9 u kvascima sa 100%-tnom preciznošću i pokrivenošću od 85%.[6][13]
U većini kičmenjaka, protein TTC39C je konzerviran preko 50%, a kod beskičmenjaka ima nivo konzervacije oko 24% .[15] Najmanje jedan ortolog i nekoliko homologa također su identifikovani u gljiva.[8] Kod biljaka nije identificiran nijedan ortolog.[8] Nekoliko njegovih ortologa prikazano je u donjoj tabeli.
Naučno ime
Uobičajeno ime
Pretpostavljeni prosjek datiranja divergencije od ljudi (milioni godina)[16]
TTC39C ima dva paraloga iz porodice TTC39: TTC39A i TTC39B, koji se nalaze na hromosomu 1, na 1p32.3, odnosno na hromosomu 9, na 9p22.3. TTC39B povezan je s upravljanjem HDL holesterolom i može biti uključen u prevenciju kardiovaskularnih bolesti.[17]
Regija promotora koja kontrolira ekspresiju transkripta varijante 1 započinje približno 952 baze uzvodno od početnog kodona i uključuje cijeli 5' UTR.[19] Pomoću programa El Dorado identificirano je nekoliko mogućih transkripcijskih faktora mjesta vezanja, uključujući CCCTC faktor vezanja i mjesto za CTCF, insultatorski protein koji veže CCCTC.[19] Ovaj transkripcijski faktor povezan je s nizom funkcija, uključujući organizaciju hromatina.[20] Bilo je i nekoliko lokacija za koje se čini da su općeniti faktor transkripcije TFIIB, te E2F i E2F mjesta za vezanje faktora transkripcije.[19]Transkripcijski faktori E2F uključeni su u posredovanje ćelijskog ciklusa, što bi moglo biti potencijalna veza sa pretpostavljenom ulogom TTC39C u anafazi.[21] Nekoliko studija mikromreža na ljudima, psima i miševima pružilo je dokaze da je TTC39C najjače eksprimiran u jetri.[18][22][23] Pokazuje relativno visoku ekspresiju u svim tkivima i imao je percentilni rang iznad 50% u svim tkivima, osim u uzorcima ljudskih bubrega, kičmene moždine i skeletnih mišića.[18]
Funkcija
Anafaza IF
Funkcija TTC39C još uvijek je nepoznata.[8] Međutim, jedan od njegovih strukturnih motiva, ponavljanje tetratrikopeptida, relativno je dobro okarakteriziran i pokazalo se da je aktivan prije svega u četiri kategorije interakcija protein-protein: interakcija s molekulskim šaperonima, posredovanje početka anafaza tokom diobe ćelija, represija transkripcije i transport proteina.[7] Od ova četiri područja funkcionalnosti, postoji najviše dokaza o njegovom učešću u pokretanju anafaze. Dva od tri moguća interakcijska proteina, koja je identificirao STRING, imaju ulogu u anafazi.[24] Konačno, protein koji je imao strukturu koja izgleda da se savršeno podudara s 85% sekvence TTC39C uključen je u anafazu kvasca, Schizosaccharomyces pombe.[6] Međutim, uloga TTC39C u anafazi mora se potvrditi dodatnim studijama.
Interakcije
Interakcijska mreža TTC39C
[24]
Studije programa Textmining identificirale su nekoliko proteina s kojima TTC39C može komunicirati.[24] Ove interakcije protein-protein nisu potvrđene; međutim, dva od identificiranih proteina, AGBL1 i HAUS4, vjerovatno su kandidati zbog svoje uloge u anafazi.[24] Identificirane su i dodatne potencijalne interakcije proteina-protein za TTC39C kod miševa; međutim, nema očite veze s TTC39C osim koekspresije.
