হন্ডুরাসের ভূ-প্রকৃতিকে তিনটি প্রধান অঞ্চলে ভাগ করা যায়। এগুলি হল মধ্যভাগের উচ্চভূমি এবং দুই উপকূলের সমভূমি। মধ্যভাগের উচ্চভূমিটি দেশের প্রায় ৮০% এলাকা জুড়ে বিস্তৃত। উত্তরের ক্যারিবীয় নিম্নভূমি এবং প্রশান্ত মহাসাগরের ফনসেকা উপসাগরের উপকূলের নিম্নভূমিগুলি পলিময় সমভূমি।
হন্ডুরাস হারিকেনের বেল্টের মধ্যে অবস্থিত এবং ক্যারিবিয়ান উপকূলটি ক্যারিবিয়ান থেকে অভ্যন্তরীণগামী হারিকেন বা গ্রীষ্মমণ্ডলীয় ঝড়ের জন্য বিশেষত ঝুঁকির মধ্যে রয়েছে।[২] ১৯৬৯ সালের ফ্রান্সিকিয়া হারিকেন এবং ১৯৮২ সালে ক্রান্তীয় ঝড় অ্যালেটা হাজার হাজার মানুষকে ক্ষতিগ্রস্ত করেছিল এবং ফসলের ব্যাপক ক্ষতি সাধন করে।[২] ১৯৭৪ সালে হারিকেন ফিফি ৮,০০০ এরও বেশি লোককে হত্যা করে এবং প্রায় সমগ্র কলা ফসল নষ্ট করে দেয়।[২]