Удзельнічаў з Джэем і Гамільтанам у выданні «Федэраліста» («The Federalist Papers») і разам з імі абараняў моцны федэральны ўрад, аднак затым перайшоў на бок процілеглага, рэспубліканскай партыі, быў дзяржаўным сакратаром ЗША пры Джэфэрсане, і ад рэспубліканскай партыі абіраўся прэзідэнтам у 1808 і 1812.
З’яўляючыся прэзідэнтам, ён забараніў падтрымліваць якія-небудзь адносіны з Англіяй і Францыяй да адмены пастаноў, якія заміналі гандлю з імі нейтральнымі дзяржавамі. Калі французскі ўрад адмяніла свае абмежавальныя распараджэнні, Мэдысан даў дазвол на гандаль з Францыяй, але пакінуў у сіле забарону ў адносінах да Англіі. Гэта стала прычынай вайны з Англіяй у 1812 годзе. Мір з Англіяй быў заключаны 24 снежня 1814 года ў Генце, на ўмовах вяртання да status quo ante.
Апошнія гады свайго прэзідэнцтва Мэдысан прысвяціў ўздыму дабрабыту ЗША. Партрэт Мэдысана змяшчаўся на купюрах у 5000 долараў.