Знаходжанне Кенэдзі па пасадзе таксама адзначана высокай напружанасцю ў адносінах з камуністычнымі дзяржавамі, у прыватнасці на Кубе. Аперацыя ў красавіку 1961 года ў заліве Свіней з намерам звергнуць дыктатара краіны Фідэля Кастра на працягу трох дзён была сарвана кубінскімі ўзброенымі сіламі. Яго адміністрацыя неўзабаве адхіліла планы Аб’яднанага камітэта начальнікаў штабоў арганізаваць ілжывыя дыверсійныя атакі на амерыканскай зямлі, каб атрымаць грамадскае адабрэнне для вайны супраць Кубы. У кастрычніку 1962 года былі знойдзены размешчаныя на Кубе савецкія балістычныя ракеты, што выклікала перыяд напружанасці, які называюць кубінскім крызісам; на думку многіх гісторыкаў, у той час чалавецтва бліжэй чым калі-небудзь знаходзілася ля пачатку вайны з прымяненнем ядзернай зброі.
Кенэдзі быў забіты ў Даласе, штат Тэхас, 22 лістапада1963 года Лі Харві Освальдам быў арыштаваны ў той дзень і зрабіў некалькі стрэлаў на прэзідэнта з акна шостага паверха Тэхаскага школьнага кнігасховішча. Уладальнік Даласкага начнога клуба Джэк Рубі смяротна параніў Освальда праз два дні ў турэмным калідоры. ФБР і Камісія Уорэна афіцыйна прыйшлі да высновы, што Освальд быў адзіным забойцам, але даклад падвергнуўся рэзкай крытыцы. Абраны Камітэт палаты Прадстаўнікоў ЗША па даследванні забойства пагадзіўся з высновай, што Освальд зрабіў стрэлы, якія і забілі прэзідэнта, але таксама прыйшоў да высновы, што Кэнэдзі быў, верагодна, забіты ў выніку змовы. Большасць амерыканцаў у наш час лічаць, што існавала змова супраць Кенэдзі, і што Освальд не быў адзіным стралком.
Пачынаючы з 1960-х гадоў стала прасочвацца інфармацыя аб прыватным жыцці Кенэдзі. Падрабязная інфармацыя аб праблемах са здароўем Кенэдзі сталі вядомыя з 1990-х гадоў. Даклады ў нявернасці ў шлюбе, якія першапачаткова трымаліся ў сакрэце ад шырокай публікі, таксама сталі вядомыя прэсе. Кенэдзі традыцыйна займае высокае месца ў рэйтынгаў гісторыкаў прэзідэнтаў ЗША.
↑Напісанне Джон Фіцджэралд Кенэдзі (без «ь») дае БЭ ў артыкуле пра ўласна Джона Кенэдзі (Т. 8., С. 232). Аднак тая ж БЭ дае абодва напісанні — Фіцджэралд і Фіцджэральд, як раўназначныя ў артыкуле пра Элу Фіцджэралд (Т. 16, С. 419) і напісанне Фіцджэральд (з «ь») як адзінае ў артыкуле пра Фрэнсіса Скота Фіцджэральда (Т. 16, С. 419). Такім чынам, абодва варыянты можна ўжываць, пакуль напісанне не будзе пэўна вызначана аўтарытэтнай крыніцай.