Пасля перамогі А. Лукашэнкі на выбарах указам Прэзідэнта № 11 ад 28 ліпеня1994 г. Ю. Захаранка прызначаны Міністрам унутраных спраў Рэспублікі Беларусь. Указам Прэзідэнта ад № 22 ад 5 жніўня1994 г. палкоўніку міліцыі Ю. Захаранка прысвоена чарговае званне генерал-маёра ўнутранай службы. Указам Прэзідэнта ад № 47 ад 12 жніўня1994 г. зацверджаная калегія Міністэрства ўнутраных спраў, а Ю. Захаранка прызначаны яе старшынёй.
Падначаленыя яму падраздзяленні МУС у красавіку 1995 года ўдзельнічалі ў збіцці дэпутатаў Вярхоўнага Савета 12-га склікання, якія пратэставалі супраць правядзення рэфэрэндуму ў Беларусі, а ў жніўні 1995 разагналі страйк работнікаў Мінскага метрапалітэну[2].
Указам № 425 ад 16 кастрычніка 1995 Ю. Захаранка вызвалены ад пасады міністра з фармулёўкай «за дапушчанае грубае парушэнне фінансавай дысцыпліны, якое выявілася ў нямэтавым выкарыстанні бюджэтных сродкаў», в.а. міністра ўнутраных спраў быў прызначаны Віктар Шэйман, а 20 снежня1995 г. міністрам унутраных спраў быў прызначаны Валянцін Агалец. Указам № 149 ад 16 красавіка1996 г. Ю. Захаранка быў паніжаны ў званні да палкоўніка і звольнены з МУС РБ.
Проверкой, проведенной в соответствии с поручением Президента Республики Беларусь от 18 сентября 1995 г., установлено, что бывший Министр внутренних дел Республики Беларусь генерал-майор внутренней службы Захаренко Ю. Н. при осуществлении внепланового капитального ремонта и переоборудования филиала гостиницы Министерства внутренних дел (пос. Ждановичи) допустил грубое финансовое нарушение, выразившееся в нецелевом использовании бюджетных средств в размере 8,9 млрд рублей, а также не принимал действенных мер по борьбе с преступностью в республике[3].
Меркавалася, што перад гэтым Захаранка выказаў незадаволенасць прызначэннем сваім намеснікам супрацоўніка КДБ і іншымі кадравымі рашэннямі Аляксандра Лукашэнкі ў сістэме МУС. Журналістам таксама стала вядомая гісторыя канфлікту паміж Юрыем Захаранкам і тагачасным начальнікам упраўлення справамі прэзідэнта Іванам Ціцянковым, апошні прасіў міністра прыслаць салдатаў унутраных войск для працы на будоўлі катэджаў, але Захаранка ў рэзкай форме адмовіў[4].
Пасля звальнення Юрый Захаранка займаўся стварэннем Саюза афіцэраў. Актыўна ўдзельнічаў практычна ва ўсіх публічных акцыях апазіцыі. З 1996 г. — член Палітрады Аб’яднанай грамадзянскай партыі. З лютага 1998 г. у складзе Нацыянальнага выканаўчага камітэта, створанага апазіцыяй — старшыня камітэта па бяспецы. Жанаты, мае дзвюх дачок.
Знікненне і расследаванне
Бясследна знік 7 мая1999 г. У 2000 г. сям’я Ю. Захаранкі пакінула Беларусь і атрымала палітычны прытулак у Германіі. У студзені 2003 г. Пракуратура г. Мінска прыпыніла расследаванне крымінальнай справы па факце знікнення Ю. Захаранкі. Колішні начальнік СІЗА № 1 Алег Алкаеў, выказаў здагадку, што Юрый Захаранка быў выкрадзены і расстраляны[5][6]. Патрабаванне расследвання знікнення Ю. Захаранкі — адно з асноўных патрабаванняў беларускай апазіцыі, яно таксама прысутнічае ў дакументах міжнародных арганізацый. У датычнасці да знікненняў Юрыя Захаранкі, а таксама Віктара Ганчара, Анатоля Красоўскага і Дзмітрыя Завадскага падазраюцца былы генеральны пракурор і былы Дзяржсакратар Савета бяспекі Віктар Шэйман, былы міністр унутраных спраўЮрый Сівакоў і былы камандзір СОБРа Дзмітрый Паўлічэнка, у дачыненні да іх з 2004 года дзейнічаюць санкцыі Еўрасаюза і ЗША[7].
У 2014 г. маці экс-міністра Ульяна Захаранка звярнулася са скаргай у Камітэт правоў чалавека ААН, у якой даводзіла, што ўлады Беларусі наўмысна зацягваюць расследаванне справы яе сына, у т. л. не інфарміруюць пра захады, каб знайсці тых, хто яго выкраў, і пакараць іх паводле закону. У красавіку 2017 г. Камітэт па правах чалавека ААН пастанавіў, што Беларусь павінна прыняць рашэнне аб завяршэнні расследавання і перадаць справу ў суд не пазней за 180 дзён[8]. Ульяна Рыгораўна Захаранка беспаспяхова падавала заяву аб прызнанні сына памерлым; сама яна памерла ў 2018 на 95-м годзе жыцця[9].
Пасля таго як Гараўскі трапіў у аўтамабільную аварыю ў Беларусі, якую ён палічыў замаха, ён збег з краіны ў кастрычніку 2018 года і папрасіў палітычнага прытулку. З 1999 па 2003 год служыў пасля войска ў спецыяльным атрадзе хуткага рэагавання Унутраных войскаў МУС Беларусі, быў намеснікам камандзіра групы, асабіста ўдзельнічаў у выкраданнях і забойствах. Паводле яго словаў, гэта адбывалася паводле вусных загадаў, ніякіх пісьмовых дакументаў не было[10].
У інтэрв’ю ён сцвярджаў, што 7 мая1999 года байцы спецыяльнага атраду хуткага рэагавання Унутраных войскаў МУС Беларусі выкралі ў цэнтры Мінска былога міністра ўнутраных Юрыя Захаранку. На вусны загад Дзмітрыя Паўлічэнкі перад выкраданнем за ім прыблізна паўтара тыдні сачыла група з васьмі чалавек, яны ведалі дзе Захаранка паставіць сваю машыну і колькі метраў яму ісці ад стаянкі да хаты. У той дзень яны прыехалі ў раён вуліцы Варанянскага на двух машынах — BMW 525 чырвонага колеру і Opel Omega цёмнага колеру. Чатыры байцы атраду спынілі па дарозе дадому Захаранку, які быў адзін, без аховы, прадставіўшыся супрацоўнікамі міліцыі. Паводле словаў Гараўскага ён быў у машыне з Паўлічэнкам, з імі таксама сядзелі Юрый Барадач і Сяргей Шкіндэраў. У іншай машыне — Дзмітрый Карповіч, Наваторскі, Кажэўнікаў, Панкоў і Аляксей Румянцаў. Румянцаў і Карповіч сталі ў пачатку і канцы дома. Гараўскі і Шкіндэраў, калі даведаліся, што Захаранка прыпаркаваўся і пайшоў у бок дома, пайшлі за ім, а Кажэўнікаў і Панкоў пайшлі яму насустрач. Захаранка не супраціўляўся, толькі сказаў выкрадальнікам у машыне, каб зрабіла так, каб не было балюча. Яшчэ ў машыне яму надзелі на галаву «балдахін», які закрываў вочы[10].
Захаранку прывезлі на вучэбную базу ўнутраных войскаў у раёне Валоўшчыны пад Мінскам. Яго забілі са спецыяльнага пісталета з глушыльнікам, які выкарыстоўваецца для выканання смяротных прысудаў у Беларусі. У інтэрв’ю Гараўскі сцвярджае, што страляў асабіста Паўлічэнка, былі зроблены два выстралы ў раён сэрца. Пасля забойства цела павезлі ў Мінск, на МКАДзе машына завярнула ў бок Паўночных могілак. Камандзір атраду Дзмітрый Паўлічэнка завёз цела ў крэматорый. Што адбылося з целам далей — невядома[10].