У чэрвені 1760 года Марыя ажанілася са сваім дзядзькам, малодшым братам яе бацькі, донам Педру (1717—1786), які аўтаматычна стаў каралём-кансортам Педру III пасля яе ўзыходжання на прастол. Дзеці:
У лютым 1777 года, пасля смерці бацькі, Марыя была абвешчана каралевай Партугаліі разам з мужам, каралём-кансортам Педру III. Перш за ўсё каралева звольніла прэм’ер-міністра маркіза дэ Памбала, які набыў вялікую ўладу пры яе бацьку.
Каралева Марыя пакутавала ад рэлігійнай маніі і меланхоліі, што пасля 1799 года зрабіла яе няздольнай да выканання каралеўскіх абавязкаў. Рэгентам пры ёй да самай яе смерці быў сын Жуан.
Напалеонаўскія войны
Адмова Партугаліі ў 1807 годзе далучыцца да кантынентальнай блакады Вялікабрытаніі паслужыла апошняй кропляй у і так нялёгкіх іспана-партугальскіх адносінах. Іспанія, якая была пад уладай Францыі, уварвалася ў Партугалію на чале з генералам Жуно. Па патрабаванні брытанскага ўрада ўся каралеўская сям’я збегла ў Бразілію і ўсталявала ўрад у выгнанні ў Рыа-дэ-Жанэйра. 23 снежня Жуно афіцыйна стаў галоўнакамандуючым Арміяй Партугаліі. 1 лютага1808 года Напалеон прызначыў яго генерал-губернатарам Партугаліі, фактычна зрабіўшы Жуно кіраўніком новай васальнай тэрыторыі французскай імперыі.
25 верасня 1808 года генерал Джон Мур быў прызначаны камандуючым англійскім экспедыцыйным корпусам (каля 35 тыс. чал.) у Партугаліі. 16 студзеня1809 года англічане былі разгромлены ў бітве пры Ла-Каруньі, а Джон Мур загінуў.
У 1815 годзе ўрад рэгента прысвоіў Бразіліі статус каралеўства, і Марыя была абвешчана Каралевай Партугаліі і Бразіліі. Калі Напалеон быў нарэшце пераможаны ў 1815 годзе, Марыя і яе сям’я засталіся ў Бразіліі. Там Марыя памерла 20 сакавіка1816 года. Пахавана ў Лісабоне ў Базіліка-да-Эштрэла