"Neftçi" avrokuboklarda ilk dəfə qələbə qazanan Azərbaycan klubu olub (1996-cı ildə Bakıda Bolqarıstan "Lokomotiv"i üzərində 2:1 hesablı qələbə), Çempionlar Liqasında 2 il ardıcıl mərhələ adlayıb (2004/05 və 2005/06 mövsümlərində), avrokuboklarda ilk səfər qələbəsinə nail olub (2005-ci ildə İslandiyada "Hafnarfyordur" üzərində 2:1 hesablı qələbə), avrokuboklarda iki mərhələ adlayan ilk komanda olub (2008-ci ildə İntertoto Kubokunda).
2011–12-ci il mövsümünün qalibi kimi Çempionlar Liqasına vəsiqə qazanmış "Neftçi" mübarizəyə ikinci mərhələdən başladı. Flaqman bu mərhələdə Gürcüstan çempionu "Zestafoni"ni iki oyunun nəticəsinə görə mübarizədən kənarlaşdırdı. Bakıda keçirilmiş ilk matçda rəqibini 3–0 hesabı ilə məğlub etmiş komandamız səfərdə rəqibi ilə heç-heçə etdi. 2–2. Növbəti mərhələdə Flaqman İsrailin "Kiryat Şmona" klubuna uduzsa da, Avropa Liqasının pley-off mərhələsində çıxış etmək imkanı əldə etdi. Pley-off mərhələsində Kiprin "APOEL" klubunu iki oyunun nəticəsinə görə 4–2 (1–1,3–1) məğlub etmiş Flaqman Azərbaycan futbolu tarixində avrokuboklarda qrup mərhələsinə vəsiqə qazanmış ilk klub oldu.[2][3]
"Neftçi" Avropa Liqasının qrup mərhələsində, qitənin ən güclü 10 klubundan biri hesab edilən İtaliya "İnter"i, eləcə də Rusiyanın "Rubin" və Serbiyanın "Partizan" klubları ilə qarşılaşdı. "Partizan"la hər iki oyunda heç-heçə etmiş "Neftçi", "İnter"lə "Cüzeppe Meazza" stadionunda sülh bağladı. 2–2[4][5]
UEFA Çempionlar Liqasının 2013–2014 mövsümündə 2-ci təsnifat mərhələsindən mübarizəyə başlayan "Neftçi" Albaniyanın "Skenderbeu" komandasına iki oyunun nəticəsinə görə ümumi hesabda 0–1 hesabıyla məğlub olaraq yarışı erkən tərk etməli oldu. Məhz bu uğursuzluqdan sonra Böyükağa Hacıyev istefa verdi və komanda müvəqqəti olaraq Tərlan Əhmədovun başçılıq etdiyi məşqçilər korpusuna həvalə edildi.[6][7][8]
2013–2014-cü il mövsümündə Kubokun qalibi olan komanda UEFA Avropa Liqasının II təsnifat mərhələsindən yarışa başladı. Neftçi ilk öncə SloveniyanınKoper komandasını iki oyunun nəticəsinə görə mübarizədən kənarlaşdırdı. Bakıdakı ilk matçda rəqibinə 1–2 hesabıyla məğlub olan komandamız səfərdə bunun əvəzini çıxdı. 2–0. Növbəti mərhələdə komandamız GürcüstanınÇikura komandası ilə mübarizəyə davam etdi. Bakıdakı ilk oyunda qolsuz bərabərlik olsa da, komandamız səfərdə 3–2 hesabıyla layiqli qələbə qazandı və tarixində ikinci dəfə UEFA Avropa Liqasının Pley-Of mərhələsinə adladı. Bu dəfə komandamızın bəxtinə 2 il öncə qrup mərhələsindən bizə tanış olan Serbiyanın Partizan klubu düşdü. İlk oyun səfərdə keçirildi. Səfərdəki oyunda komandamız 2 erkən qol vursa da sonrada 3 qol buraxdı və qələbəni əldən verdi. Cavab qarşılaşması da uğurlu alınmadı və komandamız 1–2 hesabı ilə məğlub olub Avropa macərasını Pley-Of mərhələsində başa vurdu. İkinci dəfə qrupa vəsiqə qazana bilməyən Böyükağa Hacıyev bundan sonra istefa verdi.[9]
UEFA turnirlərindəki statistika
Mənbə: uefa.com Son yenilənmə: 31 dekabr 2023 ilə olan məlumat.