بعد حصول الجزائر على استقلالها في 5 يوليو1962، انتخب في سبتمبر من نفس العام في انتخابات المجلس التأسيسي عن دائرة سطيف[9] لكن ما لبثت أن حدثت خلافات بين القادة الجزائريين، وكان موقف بوضياف أن مهمة جبهة التحرير الوطني قد انتهت بالحصول على الاستقلال، وأنه يجب فتح المجال أمام التعددية السياسية[10]
وفي يونيو 1963 تم توقيفه وحكم عليه بالإعدام بتهمة التآمر على أمن الدولة، ولكن لم ينفذ فيه الحكم نظراً لتدخل عدد من الوسطاء ونظراً لسجله الوطني، فتم إطلاق سراحه بعد ثلاثة شهور قضاها في أحد السجون بجنوب الجزائر[4]، انتقل بعد ذلك إلى باريسوسويسرا، ومنها إلى المغرب. ومن عام 1972 عاش متنقلا بين فرنساوالمغرب في إطار نشاطه السياسي إضافة إلى تنشيط مجلة الجريدة.
في عام 1979 وبعد وفاة الرئيس هواري بومدين، قام بحل حزب الثورة الاشتراكية[6] وتفرغ لأعماله الصناعية، إذ كان يدير مصنعا للآجر بمدينة القنيطرة في المغرب.
العودة ورئاسة الدولة
بعد إيقاف المسار الانتخابي وإجبار الرئيس الشاذلي بن جديد على الاستقالة في جانفي1992، استدعي إلى الجزائر من قبل الانقلابيين الذين لا يريدون أن يظهروا في مقدمة الركح وأرسل إليه صديقه علي هارون، واقتنع بالعرض[11]، ليعود بعد 27 عاما من الغياب عن الساحة الجزائرية، وعندما نزل بالجزائر صرح قائلا: «جئتكم اليوم لإنقاذكم وإنقاذ الجزائر وأستعد بكل ما أوتيت من قوة وصلاحية أن ألغي الفساد وأحارب الرشوة والمحسوبية وأهلها وأحقق العدالة الاجتماعية من خلال مساعدتكم ومساندتكم التي هي سرّ وجودي بينكم اليوم وغايتي التي تمنيّتها دائما».[12] ثم وقع تنصيبه رئيسا للمجلس الأعلى للدولة في 16 يناير1992 لمجابهة الأزمة التي دخلتها البلاد غداة إلغاء المسار الانتخابي الذي آذن بدخول الجزائر في حرب أهلية. وقد وجد نفسه محاصرا من قبل كبار العسكريين.[11]
بينما كان يلقي خطابا بدار الثقافة بمدينة عنابة يوم 29 يونيو من نفس العام رمي بالرصاص من قبل أحد حراسه المسمى مبارك بومعرافي، وهو برتبة ملازم.[6]
وظلّت ملابسات الاغتيال غامضة، ويتهم فيها البعض المؤسسة العسكرية في البلاد نظراً لنية بوضياف مكافحة الفساد.
وبعد أقل من أسبوع على اغتياله، شكلت لجنة تحقيق في تلك الجريمة ال[13] سياسية يوم 4 يوليو، لكنها لم تظهر إلا في مناسبة واحدة عندما عرضت شريطا يصور ما حدث لحظة الاغتيال، ثم اختفت بعد ذلك. وتم اتهام بومعرافي رسميا بالاغتيال واعتبر ذلك منه تصرفا فرديا معزولا، وقدم للمحاكمة وحكم عليه بالإعدام، لكنه لم ينفذ فيه[14]
^الخال, يوسف, (1987). يوميات كلب. دار النهار للنشر. OCLC:903539297. مؤرشف من الأصل في 2022-01-14.{{استشهاد بكتاب}}: صيانة الاستشهاد: أسماء متعددة: قائمة المؤلفين (link) صيانة الاستشهاد: علامات ترقيم زائدة (link)