يُسمح للدروز السوريين من مرتفعات الجولان المُحتلَّة بالعبور عبر هذا المعبر للدراسة والعمل والعيش في سوريا. كما يُصدِّر الفلاحون في تلك المناطق التفاح من خلاله أيضًا إلى باقي المناطق السوريّة وتحت إشراف الصليب الأحمر.[1][2] تقع على هذا المعبر نقطة الحراسة الخرسانيّة الوحيدة على طول خط وقف إطلاق النار.[3]
لقد تعرّض المعبر خلال الأزمة السوريّة للهجوم من قِبَل فصائل من المعارضة السوريّة، والتي سيطرت عليه مؤقتًا في 6 حزيران/ يونيو 2013، وقد تمكنت القوّات الحكوميّة السوريّة من استعادة المعبر بسرعة، كما أُصيب أحد جنود حفظ السلام الفلبينيين في قوة الأمم المتحدة لمراقبة فض الاشتباك خلال الهجوم. ونتيجة لذلك، أعلنت الحكومة النمساويّة سحب قواتها من بعثة الأمم المتحدة.[5][6] ولقد احتلت فصائل من المعارضة السوريّة المعبر مرة أخرى في 27 آب/ أغسطس 2014، مما أدى إلى إغلاقه.[7]
أُعيد فتح معبر القنيطرة في 15 تشرين الأول/ أكتوبر 2018 لأفراد قوة الأمم المتحدة لمراقبة فض الاشتباك، وذلك بعد استعادة الحكومة السوريّة سيطرتها على جميع المنطقة الجنوبيّة من سوريا.[8]