بعد سنين طويلة من دراسته في النجف؛ عاد إلى مسقط رأسه في مدينة قم في سنة 1369 هـ، ومارس التدريس، فقد درّس خمس دورات كاملة في علم الأصول في «البحث الخارج» التي كانت تتألف كل واحدة منها من عدّة سنوات من التحقيق العميق والتدريس اليومي، أما بالنسبة لدروس علم الفقه في «البحث الخارج» فإنه لم يُحدد له زماناً لأنّه ومنذ وروده إلى قم وحتى الآن لا يزال مستمراً بتدريسه. وحتى الآن يقوم بالتدريس والتأليف وممارسة أدواره المرجعية.
تسلّم المرجعية بعد وفاة أستاذه أبي القاسم الخوئي حيث رجع إليه بعض مقلّدي الخوئي في التقليد، وقد شهد له أستاذه الخوئي بوصوله لمرحلة الاجتهاد وقال الروحاني في استفتاءٍ وُجه إليه: ”لدي شهادة من السيد الخوئي بما هو فوق الاجتهاد في حين ما كان سني 15 سنة“، كما نُشرت شهادات بعض المجتهدين كمحمد علي المدرس الأفغانيوعلي البهشتي له، وقد أقرّا له كذلك بالأعلمية.
تعليق الروحاني على سؤالٍ وُجه إليه عن شهاداته وأعلميته.
فقه الصادق: موسوعة فقهية تقع في واحد وأربعون مجلداً.
زبدة الأصول: يشتمل على دورة في علم الأصول، ويقع في أربعة مجلدات.
منهاج الفقاهة: شرح وتعليق على كتاب «المكاسب» لمرتضى الأنصاري، ويقع في ستة مجلدات.
منهاج الصالحين: هو في الأصل الرسالة العملية لمحسن الحكيم، وقد طُبعت أول مرة في النجف عام 1365 هـ، ونالت هذه الرسالة استحسان العديد من علماء الشيعة؛ وأول من اعتمدها بعد الحكيم هو أبو القاسم الخوئي - أستاذ الروحاني - فزاد فيها بعض الفروع وأعاد ترتيب بعض المسائل وأدرج عليها تعليقة، ثم دمجها في الأصل فخرجت مطابقة لفتاواه،[8] وقد حذا حذو الخوئي من بعده عدد كبير من تلامذته الكبار الذين تصدوا للمرجعية؛ وكان من بينهم الروحاني فاعتمد هذه الرسالة مغيراً فيها مواضع الخلاف بما يتطابق مع رأيه.[9]
.svg){kind=small}
