بدأت الشركة نشاطها سنة 1985 بعدد 6 سفن صب بسعة 244000 طن،[5] وفي سنة 2003 تم دمج الشركة المصرية لأعمال النقل البحري (مارترانس) في الشركة الوطنية للملاحة وارتفع رأس مال الشركة إلى 150 مليون دولار أمريكي، وفي سنة 2005، استحوذت الشركة على 90٪ من الشركة المصرية للملاحة البحرية و 70٪ من الشركة المصرية لأعمال النقل البحري (مارترانس).[5]