Die Lincolnsee (Deens: Lincolnhavet, Engels: Lincoln Sea) is 'n see van die Arktiese Oseaan in Noord-Amerika. Die Lincolnsee is tydens die Arktiese ekspedisie tussen 1881 en 1884 deur Adolphus Greely ná die destydse Amerikaanse sekretaris van oorlog Robert Todd Lincoln, seun van die 16de president Abraham Lincoln, genoem. Die see het 'n oppervlakte van sowat 64 000 km² en 'n gemiddelde diepte van 257 m.
Die Lincolnsee is tussen Kaap Colombia op die KanadeseEllesmere-eiland in die weste en Kaap Morris Jesup op Groenland in die ooste geleë. 'n Denkbeeldige lyn tussen albei kape vorm die noordelike grens. Net oos van die Kaap Morris Jesup sluit die Wandelsee aan. Die Lincolnsee word deur die Nares-straat met die Baffinbaai in die suide verbind. Die see is feitlik die hele jaar gevries. 'n Klein deel van die Lincolnsee langs die gemeenskaplike grens is tussen Groenland en Kanada omstrede.
Aan 'n baai van die Lincolnsee op die Kanadese Ellesmere-eiland is Alert, die noordelikste nedersetting ter wêreld en enigste nedersetting langs dié see, geleë.