Pada 22 Desember1939, dengan restu Paus Pius XII, Slipyj ditahbiskan menjadi uskup agung Lviv dengan hak suksesi. Pentahbisan itu dilakukan oleh MetropolitanAndrey Sheptytsky dengan penuh kerahasiaan karena adanya Soviet dan situasi politik yang tidak ramah. Slipyj menjadi kepala Gereja Katolik-Yunani Ukraina pada 1 November1944, setelah mangkatnya Sheptytsky dan memimpin Gereja itu di kota Lviv yang tengah diduduki Nazi. Slipyj ditahan bersama uskup-uskup lainnya pada 1945 oleh NKVD begitu era pendudukan Nazi berakhir, dijatuhi hukuman kerja paksa, atas dakwaan bekerja sama dengan rezim Nazi. Tindakan tersebut sebenarnya merupakan langkah awal dalam likuidasi berencana atas Gereja Katolik-Yunani Ukrainia oleh para pejabat Soviet.[1][2][3] Setelah dipenjarakan di Lviv, Kiev, dan Moskow, pengadilan Soviet menjatuhkan padanya hukuman delapan tahun kerja paksa di GulagSiberia.
Saat itu otoritas Soviet menggelar sebuah sinode dengan 216 imam yang dipaksa menghadirinya, dan pada 9 Maret1946 dan hari berikutnya, pertemuan yang disebut "Sinode Lviv" itu diselenggarakan di Katedral St. Georgius. Persatuan Brest, konsili di mana Gereja Katolik-Yunani Ukraina secara resmi masuk dalam persekutuan gerejawi dengan Tahta Suci, dibatalkan. Gereja itu dipaksa "bergabung kembali" dengan Gereja Ortodoks Rusia.
Tulisan-tulisan Slipyj di dalam tahanan lolos beredar. Pada 1957 Paus Pius XII mengirimkan padanya sepucuk surat berisi ucapan selamat atas ulang tahun imamatnya yang ke-40. Surat itu disita, dan juga akibat tulisan-tulisannya yang beredar itu, dia dijatuhi hukuman penjara tujuh tahun lagi. Pada 23 Januari1963, dia dibebaskan oleh pemerintahan Nikita Khrushchev setelah adanya tekanan politik dari Paus Yohanes XXIII dan Presiden Amerika SerikatJohn F. Kennedy. Dia tiba di Roma tepat waktu untuk berpartisipasi dalam Konsili Vatikan II.
Pada 1949 dia telah diangkat secara rahasia (in pectore) menjadi kardinal oleh Paus Pius XII, namun pada 1965 barulah kekardinalannya diumumkan. Saat itu dia merupakan kardinal ke-4 dalam sejarah Gereja Katolik-Yunani Ukraina. Sejak 1969 banyak uskup Ukraina melobi agar Slipyj dijadikan patriark, tetapi Paus Paulus VI menolak dan justru menciptakan jabatan baru Uskup Agung Mayor serta menunjuk Slipyj sebagai pejabat pertamanya. Pada 1977 Slipyj mentahbiskan Ivan Choma, Stefan Czmil dan Lubomyr Husar menjadi uskup tanpa persetujuan dari paus sebagai aksi eksposisi atas aspirasi-aspirasi patriarkal. Pentahbisan-pentahbisan tersebut sangat menjengkelkan Kuria Romawi karena pentahbisan uskup tanpa persetujuan paus dianggap sebagai tindak pelanggaran dalam Hukum Kanon Gereja Roma namun tidak tidak demikian dalam Hukum Kanon Gereja Timur.[4]
Dia wafat pada 1984. Setelah runtuhnya Uni Soviet, relikuinya dimakamkan kembali di Katedral St. Georgius di Lviv pada 1992.
Riwayat hidup Slipyj menjadi inspirasi penulis AustraliaMorris West untuk novel tahun 1963-nya The Shoes of the Fisherman, novel ini telah diterjemahkan dan pernah dimuat dalam bentuk cerita bersambung di Majalah Mingguan Hidup dengan judul Sepatu Sang Nelayan. Protagonis West adalah Kiril Pavlovich Lakota, si Uskup Agung Metropolitan Lviv, yang dibebaskan oleh pemimpin Soviet setelah dua puluh tahun kerja paksa di sebuah kamp di Siberia. Dia dikirim ke Roma, di mana sri paus tua mengangkatnya menjadi kardinal. Paus tua tersebut mangkat, dan Lakota mendapati dirinya terpilih menjadi Paus, mengambil nama Kiril I (jarang sekali seorang paus menggunakan nama baptisnya sebagai nama kepausannya). Hal baru seperti adanya seorang paus Ukraina dalam era Perang Dingin pasca-Krisis Rudal Kuba menjadikan buku ini masuk dalam New York Times Best Seller list. Buku ini menjadi buku terlaris nomor satu sepanjang tahun dalam daftar buku fiksi Publishers Weekly.
Banyak orang kini menganggap The Shoes of the Fisherman bersifat nubuat karena buku ini terbit sepuluh tahun sebelum terpilihnya Karol Józef Wojtyła menjadi Paus Yohanes Paulus II, paus pertama yang berkebangsaan Slavia sekaligus paus pertama yang berasal dari sebuah negara komunis, bahkan menunjuk pada kemiripan nama Kiril dengan Karol. Justru Slipyj, tokoh asli dari protagonis dalam buku fiksi tersebut, jarang disebut-sebut dalam sanjungan-sanjungan para kritikus itu.
Catatan kaki
^Bociurkiw, B.R., The Ukrainian Greek Catholic Church and the Soviet State (1939-1950). CIUS Press, 1996.
^Pelikan, Jaroslav, Confessor Between East and West. W.B. Eerdmans Publishing. 1990.