Selenium (34Se) memiliki enam isotop alami yang terjadi dalam jumlah yang signifikan, bersama dengan jejak isotop 79Se, yang terjadi dalam jumlah yang hanya dapat bertahan beberapa saat dalam bijih uranium. Lima dari isotop-isotop ini stabil: 74Se, 76Se, 77Se, 78Se, dan 80Se. Tiga yang terakhir juga terjadi sebagai produk fisi, bersama dengan 79Se, yang memiliki waktu paruh 327.000 tahun,[2][3] dan 82Se, yang memiliki waktu paruh yang sangat panjang (~1020 tahun, meluruh melalui peluruhan beta ganda menjadi 82Kr) dan untuk tujuan praktis ia dapat dianggap stabil. Ada 23 isotop tidak stabil lainnya yang telah dikarakterisasi, yang berumur paling panjang adalah 79Se dengan waktu paruh 327.000 tahun, 75Se dengan waktu paruh 120 hari, dan 72Se dengan waktu paruh 8,40 hari. Dari isotop-isotop lainnya, 73Se memiliki waktu paruh terpanjang, 7,15 jam; kebanyakan isotop yang lain memiliki waktu paruh tidak lebih dari 38 detik.
Isotop selenium-75 memiliki kegunaan radiofarmasi.