Indonesia Soccer Championship U-21 2016 adalah kompetisi untuk usia maksimal 21 musim pertama Indonesia Soccer Championship U-21 yang diikuti oleh 18 klub junior dari Indonesia Soccer Championship A. Kompetisi dimulai pada tanggal 31 Juli 2016.[2] Pada pertengahan Juli, PT. GTS sekalu penyelenggara memutuskan laga pembuka bermain pada tanggal 6 Agustus.[3] Jadwal ini kemudian diundur hingga 12 Agustus agar bertepatan dengan jadwal dimulainya Liga 3.[4]
PS TNI memenangkan gelar musim pini pada 13 Desember 2016 setelah mengalahkan Bali United dengan skor 6–1 pada pertandingan final.[1][5]
Sriwijaya FC kemudian mengundurkan diri setelah pengundian.[6]
Format
Kompetisi yang berformat liga ini sebelumnya dibagi dalam tiga grup berdasarkan wilayah geografis, namun sejak musim baru 2016 dibagi dalam tiga grup. Juara dan peringkat dari masing-masing grup serta dua tim peringkat ketiga terbaik akan lolos ke babak delapan besar. Selanjutnya, akan dipilih empat tim yang lolos ke semifinal hingga pertandingan final.[2]