Pada tahun 1927, Pedersen mulai kerja di DuPont, di mana ia tetap di sana selama 42 tahun berikutnya, pensiun di usia 65. Di du Pont karyanya menghasilkan 25 tulisan dan 65 paten. Pada tahun 1967 ia menerbitkan 2 karya yang menjelaskan metode sintesis polieter siklik, yang dinamainya eter mahkota. Molekul berbentuk donat yang dikembangkannya adalah yang pertama dalam serangkaian senyawa istimewa yang membentuk struktur dengan ionlogam alkali yang stabil.
Ia meninggal pada tahun 1989. Segera sebelum kematiannya, ia dianugerahi medali untuk keunggulan oleh Staf Riset du Pont. Jenazahnya dikremasikan dan dimakamkan di East View Cemetery Salem, Salem County, New Jersey.