Akademi ini dibentuk pada tahun 1978 oeh Gul Mohammed Noorzai, sejarawan, penulis, dan ahli bahasa yang menyarankan dan menggabungkan akademi-akademi kesusastraan dan ilmu pengetahuan sebelumnya.[1] Akademi ini memiliki lebih dari 300 rekan peneliti, dibagi menjadi tiga kelompok utama: ilmu sosial, ilmu alam, dan ilmu Islam.
Selama bertahun-tahun perang saudara, banyak lembaga penelitian di Afganistan telah dihancurkan, sehingga akademi ini sedikit memiliki infrastruktur, laboratorium, peralatan dan perpustakaan yang memadai.[2]
