腓力的入侵计划之所以失败,部分原因是恶劣的天气和他自身的管理不善,另一部分原因是英国及其荷兰盟友的机会主义防御战术占了上风。“无敌舰队”的失败为英国远洋水手提供了宝贵的航海经验。虽然英国人能够坚持对西班牙的私掠,并继续派遣军队协助腓力二世在荷兰和法国的敌人,但这些努力几乎没有带来实际回报。这一事件最重要的影响之一是,无敌舰队的失败被视为上帝支持英国新教改革的标志。其中一枚为庆祝英国胜利而铸造的奖牌上刻着拉丁语/希伯来语铭文Flavit יהוה et Dissipati Sunt(字面意思是:“雅威吹动,他们散开了”;传统上更自由地翻译为:“他吹动他的风,他们散开”。)
在无敌舰队战败后不久,帕尔马公爵的部队放弃了入侵行动。秋天,帕尔马公爵将部队向北转移到贝亨奥普佐姆,然后试图用大量兵力围攻英国控制的城镇。然而,英国人在一次诡计中成功击退了西班牙人,并迫使帕尔马伯爵以惨重的损失撤退,这鼓舞了荷兰和英国人的士气。第二年,在伊丽莎白一世的命令下,伯蒂率领一支部队前往法国,帮助新教徒对抗天主教联盟。此后,弗朗西斯·维尔(英语:Francis Vere)爵士(Sir Francis Vere)接管了英国军队的指挥权——他在十五次战役中一直担任这一职位,几乎取得了持续的成功。
1590年,毛里茨和维尔领导下的英荷联军分别发动了一场战役,目的是夺取布雷达。在一次成功的突然袭击之前,一支小型突击队躲在一艘泥炭驳船里,取得了非凡的成就。在法国的西班牙军队支持天主教联盟和低地国家的情况下,毛里茨得以利用这一优势,从而开始了对荷兰的逐步重新征服,这被荷兰人称为“十年光辉岁月(英语:Ten Years (Eighty Years' War))”。布雷达战役之后不久,英荷联军重新夺回了聚特芬和代芬特尔,在他们之前的背叛后恢复了英国的威望。1591年在克诺森堡(奈梅亨附近)击败帕尔马公爵领导下的西班牙人后,对军队形成了新的信心。此时,英国军队几乎占荷兰起义军的一半。
1595年,莫里斯的战役重新开始,从西班牙人手中夺回特文特地区的城市。这是在于伊于三月被围困后被推迟的,但毛里茨无法阻止其沦陷。当莫里斯发动进攻时,他在7月试图占领赫龙洛的行动以失败告终,当时90岁的老将克里斯托瓦尔·德·蒙德拉贡(英语:Cristóbal de Mondragón)率领的西班牙军队解除了这座城市的武装。9月,毛里茨试图进攻莱茵贝格城,但蒙德拉贡在利珀河战役(英语:Battle of the Lippe)中挫败了这一行动。毛里茨随后被迫取消了进一步的进攻计划,因为他的大部分英国和苏格兰军队都被撤回,参加了对加的斯的进攻。在他们的新指挥官奥地利大公的领导下,西班牙人利用这一平静期,于次年夺回了许尔斯特,这导致了战役的长期僵局,并推迟了重新征服。
然而,被称为伊丽莎白的“海狗”的英国私掠船或海盗船获得了更大的成功。在西班牙无敌舰队被击败后的三年里,西班牙船只共被洗劫了三百多次,申报总价值远超40万英镑。英国朝臣为自己和其他人的探险提供资金,甚至伊丽莎白本人都会进行投资。坎伯兰伯爵(英语:George Clifford, 3rd Earl of Cumberland)进行了多次探险,其中几次确实获利颇丰——他的第一次探险是1589年的亚速尔群岛之旅。然而,由于天气恶劣,其他人都失败了,他1591年的航行在贝伦加斯群岛(英语:Berlengas)附近被西班牙舰队击败。坎伯兰与沃尔特·雷利爵士和马丁·弗罗比舍的财力和军力相结合,促成了这场战争中最成功的英国海军远征。
1592年,在弗洛雷斯岛附近,英国舰队俘获了葡萄牙的一艘大型帆船“上帝之母号”(Madre de Deus),并智胜了由阿隆索·德·巴桑(英语:Alonso de Bazán)(Alonso de Bazán)率领的西班牙舰队。探险队的收获几乎相当于英国王室年收入的一半,伊丽莎白的投资回报率高达20倍。这些财富使英国人对从事这种富裕的商业活动产生了极大的热情。1595年,雷利亲自远征奥里诺科河,试图找到神话中的黄金国;在这个过程中,英国人掠夺了西班牙在特立尼达的定居点。然而,雷利回到英国后会夸大在那里发现的财富。阿米亚斯·普雷斯顿和乔治·萨默斯(英语:George Somers)领导的另一支南美洲普雷斯顿-萨默斯探险队为雷利的探险提供了支持,该探险队以大胆的陆上进攻而闻名,并占领了加拉加斯。
虽然这场战争极大地消耗了英国的财政,但事实证明,它对许多英国私掠船来说是有利可图的。在其最后几年,尽管西班牙海军护航队得到了加强,英国的私掠仍在继续——1598年坎伯兰伯爵最后一次前往加勒比海的探险成功占领了圣胡安,并在德雷克失败的地方取得了成功。1599年纽波特袭击了塔巴斯科,1601年威廉·帕克成功袭击了波托韦洛。1603年,克里斯托弗·克莱夫袭击了圣地亚哥-德古巴,在战争的最后一次突袭中,纽波特掠夺了卡巴洛斯港。最后,就在1604年8月和平条约签署前几天,后来的海军上将安东尼奥·德·奥昆多(英语:Antonio de Oquendo)在加的斯湾击败并俘虏了一艘英国私掠船。
1598年,弗朗西斯科·德·门多萨(英语:Francisco de Mendoza)(Francisco Mendoza)领导下的西班牙人在一场被称为1598-1999年西班牙冬季的战役中夺回了莱茵贝格和梅尔斯。随后,门多萨试图夺取博默勒瓦尔德(英语:Bommelerwaard),但毛里茨领导下的荷兰和英国人挫败了这一企图,并在扎尔特博默尔击败了他。门多萨从该地区撤退,这场失败导致西班牙军队陷入混乱——兵变发生,许多人背井离乡。第二年,由约翰·范·奥尔登巴内费尔特领导的荷兰参议院看到了西班牙军队的混乱,并决定将战争的焦点集中在天主教佛兰德斯的时机已经成熟。尽管毛里茨和范·奥尔登巴内费尔特之间发生了激烈的争执,但荷兰人和弗朗西斯·维尔领导下的一支相当大的英国军队勉强同意了。他们利用奥斯坦德(当时在荷兰人控制之下)作为基地入侵佛兰德。他们的目标是征服私掠船的大本营敦刻尔克。1600年,他们向敦刻尔克挺进,在一场激烈的战斗中,英荷在纽波特会战中罕见地击败了采用大方阵的西班牙军队,英国人在这场战役中发挥了重要作用。然而,联军从未攻击敦刻尔克,因为荷兰指挥部的争端意味着收复被西班牙占领的共和国其他地区的城市是优先事项。毛里茨的部队因此撤退,留下维尔坐镇奥斯坦德,以应对即将到来的西班牙围攻。
随着奥斯坦德围城战(英语:Siege of Ostend)的进行,毛里茨于1600年夏天在莱茵河边境发动进攻。莱茵贝格和默尔斯因此再次从西班牙人手中夺回,尽管在冬季的几个月里,对斯海尔托亨博斯的攻势失败了。1602年1月,在得到增援后的奥斯坦德,维尔面临着阿尔伯特大公组织的西班牙大规模正面进攻,在激烈的战斗中,这场进攻被击退,损失惨重。维尔不久后离开了这座城市,与毛里茨会合,而阿尔伯特则被才华横溢的安布罗吉奥·斯皮诺拉取代。围攻又持续了两年,因为西班牙人试图在一场代价高昂的消耗战中占领奥斯坦德的据点。大约在毛里茨继续他的战役的同时,赫拉弗被联军夺回,但维尔在围攻中受了重伤。1604年中期,荷兰人和英国人试图给奥斯坦德解围,但斯勒伊斯港的内陆部分却被围困并占领。不久之后,经过近四年的围攻,奥斯坦德守军最终投降,数千人丧生;对西班牙人来说,这是一场代价高昂的胜利。
法国宗教战争局势越来越不利于法国天主教联盟的强硬派。1596年,随着法国、英国和荷兰签订三国同盟,在西班牙占领加莱后,伊丽莎白又向法国派遣了2000名士兵。1597年9月,亨利四世领导下的英法军队夺回亚眠,就在西班牙占领该市六个月后,西班牙的一系列胜利戛然而止。事实上,法国和西班牙王室之间关于和平的第一次试探性谈判在战前就已经开始了,在亨利皈依罗马天主教后,联盟强硬派已经在整个法国失去了民众的支持,而亨利在军事上的成功为他提供了支持。此外,由于在法国、荷兰和英国的战争,西班牙的财政处于崩溃的边缘。因此,病入膏肓的腓力二世决定结束对联盟的支持,并最终承认亨利继承法国王位的合法性。在没有西班牙支持的情况下,最后的联盟强硬派很快就被击败了。1598年5月,两位国王签署了《韦尔万和约(英语:Peace of Vervins)》,结束了最后一场宗教内战和西班牙的干预。
1601年底,西班牙派遣了最后一支无敌舰队北上,这次是一次有限的远征,目的是在爱尔兰登陆,协助叛军。只有一半的舰队抵达是因为一场风暴将其驱散,而抵达的舰队则远离爱尔兰叛军。西班牙人带着3000名士兵进入金赛尔镇,立即被英国人围困。随着时间的推移,他们的爱尔兰盟友赶到并包围围攻部队,但由于与叛军缺乏沟通,英国在金赛尔战役(英语:Siege of Kinsale)中取得了胜利。被围困的西班牙人接受了提议的投降条款并回国,而爱尔兰叛军坚持作战,直到1603年伊丽莎白去世后投降。
对英国来说,该条约既是外交上的胜利,也是经济上的必要。与此同时,该条约在英国公众中极不受欢迎,许多人认为这是一种羞辱性的和平。许多人认为詹姆斯一世为了安抚西班牙王室而抛弃了英格兰的盟友荷兰,这损害了詹姆斯的声望。然而,该条约确保了那里的新教改革得到了保护,詹姆斯和他的大臣们拒绝了西班牙在英国容忍天主教的要求。1602年在金赛尔战败后,詹姆斯一世与爱尔兰叛军于次年签订了《梅利芬特条约(英语:Treaty of Mellifont)》。在随后的伦敦条约中,西班牙承诺不支持叛军。
^"英王詹姆斯締約的首要目的就是結束這場與西班牙的長年疲戰,而目標在1604年8月簽訂倫敦條約後達成。條約對於西班牙而言可說是極盡慷慨,成為英王詹姆斯登上王位候的首個汙點。此外,不同於伊莉莎白以往作風,詹姆斯竭力的信守承諾。" Burgess, Douglas: The Pirates' Pact: The Secret Alliances Between History's Most Notorious Buccaneers and Colonial America. McGraw-Hill Professional, 2008, page 29. ISBN 0-07-147476-5
^Channing, Edward: A history of the United States. Octagon Books, 1977, v. 1, page 158. ISBN 0-374-91414-1