科爾特斯個人沒有得到很大的回報,而他很快就開始批評政府對於他及同志的補償是不足的。他認為他已無法再忍耐,因此多次違背王室的命令,甚至還在1524年10月15日寫信給國王(Ycazbalceta, "Documentos para la Historia de México"),信中用相當無禮的語氣提到攻下新西班牙應該都是他的功勞。还刻意承认他的不服从,用詞上肯定讓受信者留下不佳的印象[6]
科爾特斯的遺體頗為坎坷,因為不同的原因,被移葬超過八次。他的遺體是在1547年12月4日安葬在塞維利亞聖伊西多羅·德爾坎波教堂(iglesia de San Isidoro del Campo)的麥地那公爵(duque de Medina)陵墓,三年後因為公爵需要的空間,遺體移到同一個教會中的聖卡塔琳娜祭壇(altar de Santa Catalina)。科爾特斯在遺書中希望他在死了十年後,可以改葬在他下令在墨西哥科亞坎興建的修道院,但修道院一直都還沒完成。因此在1566年時改葬到新西班牙的聖弗朗西斯科德特斯科科教堂(iglesia de San Francisco de Texcoco),而他的母親以及一個姊妹也葬在這個教堂。
1629年時科爾特斯的最後一名男性後裔Don Pedro Cortés, cuarto "Marqués del Valle"過世,總督決定將科爾特斯和他後裔的骨骸移到墨西哥的方濟會教堂,不過其中這些骨骸有九年時間是放在總督宮殿的主房間內。最後移到了薩格里拉方濟會教堂,在那裡停留了87年。1716年又搬移到同一教堂的不同位置。1794年時科爾特斯的骨骸移到耶稣医院,其中也有曼努埃爾·托薩(英语:Manuel Tolsá)作的塑像以及陵墓。
一直到1946年11月24日才再度發現科爾特斯的骨骸[10]:467,原因是發現了Lucas Alamán(英语:Lucas Alamán)的一份秘密文件。科爾特斯的骨骸移到墨西哥国家文物总局(INAH),也經過INAH認證確實是科爾特斯的骨骸[10]:468。最後科爾特斯的骨骸又放回原位,這次加上青銅的銘文和其紋章[11]。當再次發現科爾特斯的骨骸時,支持墨西哥的西班牙傳統的人非常興奮,但墨西哥本色主義者的支持者則表示「遺體應該在夸烏特莫克(中美洲阿茲特克帝國末代統治者,抵抗埃爾南·科爾特斯失敗而投降,其後被絞死)雕像的前面公開燒毀,並將骨灰灑到空中。」[10]:468。在發現及認證科爾特斯的骨骸之後,有個針對夸烏特莫克骨骸的研究,結果稱為「batalla de los huesos」[10]:468。
^ 7.07.1Bernard Grunberg, "La folle aventure d'Hernan Cortés", in L'Histoire n°322, July–August 2007
^Robert Himmerich y Valencia, The Encomenderos of New Spain, 1521-1555. Austin: University of Texas Press 1991.
^p. 30–31 of J.H. Elliot, introductory essay to Anthony Pagden's translation of Cortés's letters "Hernan Cortés" letters from Mexico" 2001 (1971, 1986) Yale University NotaBene books
^ 10.010.110.210.3Benjamin Keen, The Aztecs Image in Western Thought, New Brunswick: Rutgers University Press 1971.