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本列表列入肯尼亚使用的旗帜。

国旗

旗帜	日期	用途	简述
	1963年至今	肯尼亚国旗	这面旗帜以肯尼亚非洲民族联盟（Kenya African National Union）的旗帜为基础。黑色象征黑人占多数，红色象征为自由而战的鲜血，绿色象征自然资源的财富；白色的饰线是后来加上去，象征和平；马赛族传统盾牌和两支长矛象征对上述所有事物的守护。

日期	用途	简述
1963年至1970年	肯尼亚总统旗	肯尼亚的第一面总统旗，以肯尼亚国旗为基础，中央绘上肯尼亚国徽。
1970年至1978年	肯尼亚总统旗	首任肯尼亚总统乔莫·肯雅塔的个人旗。乔莫·肯雅塔出身自肯尼亚非洲民族联盟，该党的标志是雄鸡。
1978年至2002年	肯尼亚总统旗	第二任肯尼亚总统丹尼尔·阿拉普·莫伊的个人旗。丹尼尔·阿拉普·莫伊出身自肯尼亚非洲民族联盟，该党的标志是雄鸡。
2002年至2013年	肯尼亚总统旗	第三任肯尼亚总统姆瓦伊·齐贝吉的个人旗。姆瓦伊·齐贝吉出身自全国彩虹联盟。
2013年至2022年	肯尼亚总统旗	第四任肯尼亚总统乌胡鲁·肯雅塔的个人旗。乌胡鲁·肯雅塔出身自国家联盟（英语：The National Alliance），之后并入朱比利党（英语：Jubilee Party），该党的标志是鸽子。
2022年至今	肯尼亚总统旗	第五任肯尼亚总统威廉·鲁托的个人旗。威廉·鲁托出身自统一民主阵线（英语：United Democratic Alliance (Kenya)），该党的标志是辘轳车。

日期	用途	简述
1498年至1521年	葡萄牙王国旗帜	葡萄牙国王曼努埃尔一世在位期间使用的旗帜。白底，中央是葡萄牙王国纹章。
1521年至1578年	葡萄牙王国旗帜	葡萄牙国王若昂三世在位期间使用的旗帜。白底，中央是葡萄牙王国纹章。
1578年至1640年	葡萄牙王国旗帜	葡萄牙国王塞巴斯蒂昂在位期间使用的旗帜。白底，中央是葡萄牙王国纹章。
1616年至1640年	葡萄牙王国旗帜	白底，中央是葡萄牙王国纹章。（假定旗帜）
1640年至1667年	葡萄牙王国旗帜	葡萄牙国王若昂四世在位期间使用的旗帜。白底，中央是葡萄牙王国纹章。
1667年1698年	葡萄牙王国旗帜	葡萄牙国王佩德罗二世在位期间使用的旗帜。白底，中央是葡萄牙王国纹章。

旗帜	日期	用途	简述
	1698年至1888年	阿曼帝国旗帜	白底，中央寫著紅色阿拉伯文字「نصر من اصل و فتح قریب」，上面是一把朝右的紅劍。

日期	用途	简述
1885年至1890年	德国东非公司旗
1885年至1890年	德意志帝國旗	从上至下由黑、白、红组成的水平三色旗。
1885年至1890年	殖民地旗	从上至下由黑、白、红组成的水平三色旗，中央有个白色圆圈，绘制日耳曼帝國鷹。
1890年	德属维图兰（英语：Wituland）旗	白色和红色的垂直双色旗，红地内有颗白色五角星。

旗帜	日期	用途	简述
	1895年至1921年	东非保护国旗	英國蓝船旗绘有东非保护国的徽章。

旗帜	日期	用途	简述
	1921年至1963年	肯尼亚殖民地（英语：Kenya Colony）旗	英國蓝船旗绘有红狮。
	1952年至1962年	皇家东非海军（英语：Royal East African Navy）旗	英國蓝船旗在右侧绘制皇家东非海军的徽章。