神社本廳（日语：神社本庁／じんじゃほんちょう）是日本一個以神宮（伊勢神宮）為本宗，統括各地神社的宗教法人（日语：宗教法人）機構，為日本最大的神道系宗教團體。1946年2月3日建立[4][5]。
雖稱作「廳」，但非所謂的官公廳，而是基於宗教法人法、由文部科學大臣所轄之「包括宗教法人」[6]。
神社本廳是日本最大的神道系宗教團體，在全國約8萬座日本神社中有7萬9千座以上加盟[7]。本廳在各都道府縣設有神社廳（日语：神社庁）[8][7]，前身為內務省外局神祇院（日语：神祇院）[9]。
神社本廳的「宗教法人「神社本廳」廳規」中第3條規定，神社本廳的目的是管理指導旗下神社、宣揚神社神道（日语：神社神道）、執行神社祭祀、信者（氏子）的教化養成、本宗伊勢神宮的奉贊、神職養成、宣傳活動等。
1872年（明治5年），伊勢神宮少宮司浦田長民創立神宮教會（日语：神宮教）。
1875年，集結全國神道諸派的行政團體神道事務局（日语：神道事務局）成立，總裁由有栖川宮幟仁親王、副總裁由岩下方平（日语：岩下方平）出任。1882年，從神道事務局獨立的神職中央機關皇典講究所（日语：皇典講究所）創立。神道事務局在1884年改組為神道本局。1885年《會通雜誌》創刊，刊載皇典講究所與神道本局的記錄和官方公告、外國報告、官國幣社祭日等[10]。
1890年（明治23年）11月29日施行大日本帝國憲法第28條（日语：大日本帝国憲法第28条），國民擁有「宗教自由」，神道與佛教、基督教獲得國家正式承認為宗教組織，另一方面，神社則被視為是國家祭祀行為而非宗教[11]。皇典講究所設立教育機關國學院（日语：國學院）。
1898年（明治31年），全國神職會（日语：全国神職会）成立，強化全國神社的合作[12]。1900年（明治33年），內務省社寺局重整為神社局與宗教局，分隔神社與佛教[13]。全國神職會之後更名為「大日本神祇會」，成為神社本廳的前身團體之一[13]。
1899年，神宮教（日语：神宮教）發展為神宮奉齋會。
1909年1月30日，獨逸學協會（日语：獨逸学協会学校）幹部、國鏡社社主飯山正秀為了推廣皇道學與教育勅語而創立教育團體日本獎學義會[14][a]。 1917年（大正6年），日本基督教會的「神社決議」聲明否定神社非宗教論（日语：神社非宗教論）[b]。
1918年（大正7年），今泉定助（日语：今泉定助）就任皇典講究所理事，擴充國學院並更名為國學院大學。1921年（大正10年）就任神宮奉齋會會長。
昭和時期的1938年，日本大學皇道學院（日语：日本大学皇道学院）設立，今泉定助就任院長。1940年設置神祇院（日语：神祇院）[17]。
1945年（昭和20年）10月4日，駐日盟軍總司令（GHQ/SCAP）廢除「對思想、宗教、集會和言論自由的限制」，頒布「自由指令[18]」允許「無限制地討論天皇、國體及日本帝國政府」[19]。12月15日，「神道指令」命令日本政府廢除神祇院，將國家與宗教完全分離[20][19]。12月28日，「宗教團體法」廢止，同時公布「宗教法人令」[21]。
1946年（昭和21年）1月23日，配合「神道指令」，大日本神祇會（日语：全国神職会）、皇典講究所（日语：皇典講究所）、神宮奉齋會三團體成立神社本廳。
神祇院本應在沒有占領軍施壓下維持現有的神社非宗教立場，但在「神道指令」公布時遭到廢除[22]。另一方面，葦津珍彥（日语：葦津珍彦）認為會有嚴厲的鎮壓，與皇典講究所（日语：皇典講究所）的吉田茂（非內閣總理大臣）、神宮奉齋會（日语：神宮奉斎会）的宮川宗德（日语：宮川宗徳）一同尋找出路[22]。
1945年（昭和20年）10月25日，葦津在「神社制度改革的私見」中，向大日本神祇會（日语：全国神職会）、皇典講究所、神宮奉齋會相關人士提出由民間主導保留神社界[22][23]。葦津提出「建立一個傳達正確訊息並進行統一處理的全國組織」、「聯合各神社的鬆散『神社聯盟』」、「該神社聯盟沒有教義表決權」[22]。11月7日至8日舉行第2回民間三團體聯合懇親會，通過「聯合三團體」、「在神祇會館設立準備處」、「起草聯合草案並召開審議會」[22]。然而，大日本神祇會在11月13日向設立準備審議會提出的「神社教（暫稱）教規大綱案」如宗教團體一般，納入了教義表決權與旗下神社的人事權[22]。對此，葦津主張「固化教義違反神社神道的本質，打造強力的中央集權組織將引來占領軍的干渉」，大力反對大日本神祇會案[22]。翌日14日，宮川宗德提出以葦津案為基調的折衷案[22]。審議會制定了以葦津案為中心的神社界組織構想，於1946年（昭和21年）1月23日提出聲明「以全國神社的共識為基礎，在本宗皇大神宮的允許下，成立涵跨全國神社的新團體，努力實現合作神社的使命，為新日本的建設做出貢獻。」成立宗教法人（日语：宗教法人）神社本廳，2月3日正式設立[22][24]。神社本廳成立後，根據宗教法人法（宗教法人令），神社將被視為與其他宗教一樣的宗教組織[13]。
本廳設立時，神宮奉齋會（日语：神宮奉斎会）捐贈10萬日圓給神社本廳，將「擁有相當設備」（宮川所稱）的奉齋會地方本部奉齋所重整為神社[25]。例如，東京奉齋會本院在1946年（昭和21年）3月向神社本廳申請設立神社，成立東京大神宮[25]。
1956年（昭和31年）5月，公布神社信仰基本方針「敬神生活綱領」，為氏子、崇敬者的教化、養成做出努力。1980年（昭和55年）7月施行「神社本廳憲章」，確立神社本廳的基本精神規範[26]。
神社本廳是日本全國約8萬社的包括宗教法人。每個神社都有自己的歷史，並有八幡信仰、稻荷信仰等多種宗教信仰，很難確立一個統一教義。1980年（昭和55年）5月21日制訂「神社本廳憲章」。其背景和立場在序言中陳述「迄今為止，重要的關注點是建立和維護基本規範作為精神融合的紐帶。」，附則規定「本憲章施行時，廳規及過去規定等視為依本憲章制定。」。
第一條「神社本廳尊重傳統，追求振興祭祀與宏揚道義，祈求天皇治世興盛，為四海萬邦的安寧做出貢獻。」。
「神社本廳憲章」以前，神社本廳的執行精神訂於昭和31年（1956年）制定的「敬神生活綱領」。
神社本廳沒有成文教義，但根據『神社本廳憲章解奢』，神社本廳的成立和活動精神是基於「神社本廳憲章」與「敬神生活綱領」[27]。
神社本廳是約8萬社的神社包括團體。因此廣義的「神社本廳」是包含被包括神社在內的集合體，狹義的「神社本廳」則是指澀谷區代代木的事務組織。神社本廳議決機關是由全國神職、總代所選出的評議員會，總長以下委員也由其選任。與戰前的監督官廳神祇院（日语：神祇院）擁有完全不同的組織體質[28]。
全國神社總代會是神社氏子代表人，在神社本廳內設有事務局[32]。
神社本廳初代事務總長宮川宗德（日语：宮川宗徳）出任社長的神社新報社（日语：神社新報社）於1946年（昭和21年）2月成立[33]。一般財團法人神道文化會也在宮川的提倡下設立[34]。神社本廳的評議委員會透過神社新報社等公布舉行資訊[29]。
1969年（昭和44年），神道政治聯盟（日语：神道政治連盟）成立[35]。
神道政治聯盟國會議員懇談會（日语：神道政治連盟国会議員懇談会）（神政連會國會議員懇）由贊同神道政治聯盟理念的日本國會議員（實際上皆為自民黨員）組成。現任會長為中曽根弘文。第3次安倍內閣閣僚20人中，除了公明黨以外的19人皆為神政連國會議員懇的會員[36]。
指定團體是指神社相關團體中，由神社本廳推薦、培育、資助的團體[37]。
金刀比羅宮、鎌倉宮、靖國神社、伏見稻荷大社、日光東照宮、氣多大社、白崎八幡宮（日语：白崎八幡宮）、梨木神社（日语：梨木神社）、新熊野神社（日语：新熊野神社）、富岡八幡宮等知名神社皆非神社本廳所屬神社，而是單立（日语：単立）宗教法人（日语：宗教法人）。大型單立神社約有2000社，加上小型祠堂等在內的單立神社則達20萬社[30][38]。東大阪市半數以上具有宗教法人格的神社皆非屬神社本廳[39]。
除了神社本廳以外，還有同屬神社神道系的包括宗教法人（神社本教（日语：神社本教）、北海道神社協會（日语：北海道神社協会）、神社產土教（日语：神社産土教）、日本神宮本廳等），這些所屬神社也非屬神社本廳旗下。
氣多大社雖是別表神社，但因財產管理與處分等規則變更而與本廳對立展開訴訟，最後脫離神社本廳成為單立神社[40][41][42]。明治神宮也在2004年（平成16年）解除神社本廳被包括關係，脫離別表神社，但2010年（平成22年）8月23日再恢復神社本廳被包括關係。富岡八幡宮則因宮司人事而決定脫離[43]，2017年（平成29年）6月再次提出脫離神社本廳，同年9月獲東京都承認[44]。金刀比羅宮則因不滿神社本廳作為而在2020年6月脫離[45]。
鑽石週刊（日语：週刊ダイヤモンド）報導神社本廳在2014年的所有財產為93億7644萬日圓[46]。其中包含神社本廳建物14億4079萬日圓，境內地地價10億8900萬日圓[46]。所擁有之普通財產包含出版歷史教科書的教科書公司股份等[46]。
神社本廳的政治相關團體是神道政治聯盟（日语：神道政治連盟）（神政連）[35]。神社本廳總長田中恆清（日语：田中恆清）為日本會議副會長，統理鷹司尚武（日语：鷹司尚武）則為日本會議顧問[47]。
1953年（昭和28年）第3屆日本參議院議員通常選舉，神社本廳推舉宮川宗德（日语：宮川宗徳）但未當選[35]。1966年（昭和41年），神社審議會提出「神社本廳相關組織應組成強力的推動團體進軍國會」[48]。1969年（昭和44年）神政連結成後，改為推薦既有政黨（主要為自由民主黨）政治家[35][48]。而神社本廳與日本遺族會等右派團體也進行政治遊說，提供參拜靖國神社的政治家選票與資金的支援[49]。
過去的日本會議活動中，可見神社本廳等各宗教團體的接待處並進行組織動員[50]。
2005年（平成17年）3月17日，神社本廳針對「皇室典範有識者會議（日语：皇室典範に関する有識者会議）」的皇位繼承（日语：皇位継承）議題，以「針對皇室典範修正的神社本廳基本立場」發送至各都道府縣的神社廳。針對同年11月24日有識者會議的報告書，12月2日發表「皇室典範修正問題之神社本廳基本見解」[51]。本廳提出皇位「無一例外地由男系繼承」[51]，「針對皇室典範修正的神社本廳基本立場」呼籲政府與有識者會議應尊重男系皇位繼承傳統[51]。
2005年（平成17年）6月9日，神社本廳就內閣總理大臣參拜靖國神社等爭議，也就是所謂的靖國神社問題，表示分祀「從神社祭祀（さいし）的本義來說是不可能的」[52][53]。其中，神社本廳對於包含A級戰犯、戰爭審判犠牲者等「昭和殉難者」於靖國神社合祀、慰靈表達支持，並對許多人誤解祭神的「分祀」意義，偏離了神社祭祀的本義表達憂慮。本廳認為靖國神社是日本戰死者追悼的中心設施、祭神分離的「分祀」不能套用在神社祭祀上、首相應該繼續參拜靖國神社、A級戰犯是國會決議後透過政府執行而實施合祀。
此外，神社本廳也是靖國神社崇敬奉賛會（日语：靖国神社崇敬奉賛会）的法人會員。
1957年（昭和32年）8月21日，神社本廳與生長之家（現生長之家本流運動（日语：生長の家本流運動））、修養團（日语：修養団）等為了推動恢復紀元節（將西曆紀元前660年2月11日初代神武天皇登基日視為日本國誕生日）而組成「紀元節奉祝會」。1967年（昭和42年）紀元節以「建國紀念之日」的名稱復活。
中國電力規劃的山口縣上關原子力發電所（日语：上関原子力発電所）預定地有部分是四代八幡宮境內地，當時宮司林春彥反對提供神社地[54][55]。林春彥在2002年表示神社本廳代表役員計畫將他解雇[54]，支持派氏子更在2003年要求解雇宮司[55]。
神社本廳對於該神社境內地的財產處分申請表示「核能發電不會排出造成地球暖化的溫室氣體，不會造成環境破壞」，同意四代八幡宮售出境內地[56]。
神社本廳與部分神社參與櫻井良子主導的「制定美麗日本憲法國民之會」連署活動[57]。對此，作為單立神社的新熊野神社（日语：新熊野神社）宮司尾竹慶久表示「神社的職務是創造一個能讓參拜者舒適參拜的環境。（在神社）推動可能讓人不舒服的修憲運動，是放棄了神職職務、將神社私物化」[38]。八王子市淺川金刀比羅神社宮司奧田靖二也表示「神社在戰前是戰爭的共犯。如果要反省過去，神職、宮司應該反對和平安全法制」。
1977年（昭和52年），津地鎮祭訴訟（日语：津地鎮祭訴訟）的最高裁認定（昭和52年7月13日大法廷判決）國家與自治體進行社會一般習慣的宗教儀禮非日本國憲法第20條（日语：日本国憲法第20条）第3項禁止之「宗教行為」，判定合憲[58][59]。神社本廳表示從此推翻占領軍的國家宗教「完全分離主義」，確立了憲法的政教分離解釋[58]。此解釋也讓平成的皇位繼承（日语：皇位継承）相關儀式、儀禮成為可能[60]。
2015年，神社本廳賣出川崎市一般職員的百合丘職舍，購入總務部長居住的危機管理用新職舍[61][62][63]。 兩名因指出上級與業者有勾結嫌疑而遭到懲戒處分的前幹部稱其是「非法對合法內部舉發進行報復」，向東京地裁提起訴訟[62][63]。
2021年3月18日，東京地裁判決懲戒處分無效，神社本廳需支付薪資[64]。
2020年6月，報導指出香川縣金刀比羅宮正在進行脫離神社本廳的相關手續。
金刀比羅宮之前就對神社本廳關於不動產不透明交易的報導要求查明真相。但是沒有得到滿意的答复，決定停止支付給本廳捐贈金。接著，2019年11月14日，是舉行皇位繼承的重要祭祀活動大嘗祭（日语：大嘗祭）當日祭，然而金刀比羅宮卻未收到本廳之前答應支付的資金「幣帛料」。對此，金刀比羅宮表示「祝賀天皇陛下即位的特別之日，僅有本宮未配得資金」，無法信任本廳。
神社本廳對媒體表示「資金透過各都道府縣的神社廳（日语：神社庁）分配」，但香川縣神社廳直到2020年1月底才發給金刀比羅宮。該宮批評「幾個月後才到是什麼意思？」[65][66]。
2020年11月17日，金刀比羅宮正式脫離神社本廳[67]。
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