在日本动漫火影忍者系列中，忍者按照实力的不同有相应的階级。忍者在成为忍者村正式的一员后，从下忍开始，按照训练和完成任务的情况不断晋升。虽然低级别的忍者并非一定比高级别的忍者实力弱，但不同的级别基本可以代表实力的大体水准。除了级别，忍者还可以按职责或从事的工作分类。
全稱「暗殺戰術特殊部隊」。如果以現實世界來說，任務性質類似美國的中央情報局（情蒐、暗殺、保護重要人物）；組織編制則與中華民國的憲兵特勤隊相似（由國家元首直轄）。暗部是從村內被挑選的優秀忍者所組成，所有的隊員均精通身體構造，深明人體弱點。而為了區分出暗部和一般的忍者，以及隱藏他們的真正身份，成員們都要戴著白色瓷面具。此外，他們亦有一套標準的制服：黑色的短衣、灰色的保護服、謢臂，並且在手臂上刺有螺旋形記號的紋身。有的時候暗部隊員亦會外披一件披風在身上（暗部的披風為黑色，原「根」成員的披風則多為白色）。與一般的忍者不同，每一名暗部都會配帶忍者刀並繫在背上，為了保護忍村在瀕臨死亡之際必須讓自己死不留屍。每個忍者村的面具都不大一樣，木葉暗部是動物面具、砂忍是鬼面具、霧忍是花紋面具（追忍）。
暗部的工作主要是負責保護影和忍者村的安全、在敵國執行高風險的任務如間諜或暗殺、出仕可能涉及與S級忍者對決的任務。由於暗部直屬於影，所以工作亦由影直接委派，而且任務性質及其他一切資料均屬保密，一切行動及功績都不會公開。暗部組織也有自己基本的忍術，如定身術（金縛りの術，Kanashibari no Jutsu，可使敵人全身麻痺，然後再施以攻擊）及時逆之術（Jigyaku no Jutsu，對某人施以催眠術，然後讓他回憶起連本人也無法記起的經歷）。
在火影故事中擔任暗部的主要角色有：旗木卡卡西（前木葉暗部分隊長），宇智波鼬（13歲成為木葉暗部分隊長），森乃伊比喜（木葉暗部拷問部隊隊長）、黑鋤雷牙（霧忍村暗部）、卯月夕颜和天藏。
全稱「追殺忍者部隊」。負責追殺叛忍的忍者，通常只留下叛忍的頭顱作為任務完成的證明，而其他部份則會用不同方式來處理，如以火葬或召喚烏鴉啄食殘體。他們亦必須立刻處理掉屍體，以避免屍體落入其他忍村手中，使自己忍村內的資料外泄，如忍者的查克拉類型、忍術、所用藥物類型、血繼限界等。正因為他們常常要處理屍體，故他們對人體結構方面的知識是相當清晰及詳細，所以追忍也被通稱為屍體處理班。
第一部中，白就曾用自己過去在霧隱所戴的追忍面具，表面上偽裝成奉命追殺叛忍桃地再不斬，但實際上卻是為了救走再不斬的策略。第二部中，霧忍青在471話提及自己曾效力於此組織，因此對封印忍術特別有一套。
又稱「暗部培訓部門」。由鷹派元老志村段藏在木葉暗部中建立的獨立機動部隊，其成員是直接隸屬於段藏，而不是火影。雖然「根」已在第三代火影猿飛日斬的命令下解散，但仍有其成員待在暗部，甚至繼續效忠段藏。在漫畫中幾次密會的「根」成員都是身著白色披風，推測是過去「根」的統一裝扮。培因入侵木葉時，段藏曾命令「根」成員不去支援木葉，並認為達成自己野心的小小犧牲不足為道。
已知「根」成員有：祭、寺井、山中風、油女斗留音等。
所謂「根」之人 沒有名字、沒有情感 沒有過去、沒有未來 只有任務 在背後支撑起木葉村這棵大樹的是深扎於大地之中的......我等「根」的意志 —根之訓言
所謂「根」之人 沒有名字、沒有情感 沒有過去、沒有未來 只有任務 在背後支撑起木葉村這棵大樹的是深扎於大地之中的......我等「根」的意志
—根之訓言
你是沐浴陽光的木葉，我是黑暗中的根 —志村段藏
負責制訂村中的律例，同時加強並維持木葉隱村的秩序、治安以及逮捕有犯罪事實的忍者，類似現實世界的警察單位。由第二代火影所創立，許多宇智波族人都隸屬其中的第一分隊。標誌為飛鏢中央有宇智波家族的家徽——扇子，亦代表了宇智波一族的光榮。鼬的父親、身為族中的代表宇智波富嶽就在總部工作。鼬未進入暗部前，跟弟弟佐助有同一個夢想，就是在木葉警務部隊中工作。不過警務部隊的職權也有限，例如涉及暗部的事情，他們無法插手。而且警務部隊被視為第二代火影為阻止宇智波一族背叛的手段，表面上是彰顯信賴所設立，然而其受到暗部的監視，導致後來宇智波一族意圖謀反，但在行動前夕反遭自己的族人宇智波鼬滅族，而木葉警務部隊也走入歷史。
火之寺事件後，由綱手命令靜音立刻調動及組成的大規模小隊組織。事緣於「曉」成員飛段及角都入侵火之國，並在火之寺中進行大規模屠殺，把前「守護忍十二士」之一的地陸殺死，之後一名死裡逃生的僧人前來匯報，方知此事的發生。故綱手決定派出多個小隊追蹤、逮捕，並下令有需要的情況下殺死「曉」的成員。已知的兩個小隊為：（第一隊）上忍猿飛阿斯瑪、中忍奈良鹿丸、神月出雲、鋼子鐵；（第二隊）特別上忍山城青葉、並足雷同、中忍秋道丁次、山中井野。最後猿飛阿斯瑪亦於與飛段的對決中不幸戰死。
是四處流浪的非正統忍者，並不屬於任一忍者村。動畫篇曾有一支由流浪忍者所組成的組織「候鳥忍者」，遊走各國之間，偷學各國的忍術，但大多都並未學全（如偷學自我愛羅的沙子忍術），或者形似而神非（如以鋼絲假作的影子模仿術、利用投影機造出的通靈之術），多數成員實力並不傑出，後以「慧」為首意圖奪取鳥之國，全員都被旗木卡卡西、漩渦鳴人、天天、日向寧次擊敗。
忍者界的一種分類方式，指能力能打倒一般上忍、具有獨特能力並聲譽各國的忍者。他們可以是忍村中的忍者，也可以是周遊列國、但仍忠於原忍村的忍者。如「木葉三忍」中的自來也及綱手。也可以是受到各國極度重視的S級忍者，而他們通常是因為做出了嚴重影響忍村的罪行而叛離（如大蛇丸或宇智波鼬）。「曉」組織內的十人眾，本都是從各忍村聚集而來的S級叛忍。他們的能力更可能超越影級忍者，故各忍村均對他們加以防範。由於通常S級忍者身懷絕技，故為很多其他忍者所畏懼，不敢跟他們正面交鋒。
例： 旗木卡卡西、漩渦鳴人、宇智波佐助、阿凱、我愛羅、「曉」成員、歷代五影、「木葉三忍」、「木葉白牙」、宇智波斑等。
體內封印有尾獸的忍者，這些忍者作為尾獸的容器不單負起封印尾獸的責任，也利用尾獸的力量成為忍者村的重要戰力，但因為使用尾獸查克拉時，同樣會被尾獸影響（一尾的人柱力無法獲得安定的睡眠、九尾的人柱力抽取查克拉時會被九尾的負面思想影響），所以多數人柱力長期處於情緒不甚安穩的狀態，嚴重時甚至會出現尾獸暴走的情況使村子蒙受巨大損失，使村人將人柱力跟尾獸劃上等號，幾乎只要是身為祭品之力，就一定會被全村人歧視，沒有人緣，發生了大事也沒人會去關心。
但是並非沒有例外，根據志村段藏所言只有八尾人柱力殺人蜂跟三尾人柱力矢倉可以完美控制尾獸的力量；然而按照設定書的介紹，二尾人柱力二位由木人跟四尾人柱力老紫也都能有效控制尾獸；第四次忍戰中，漩渦鳴人經過鍛鍊後也能完美借用九尾的力量。
S級任務：關係到國家等級之機密事項的任務。工作內容可能是依據他國的邀請參加戰爭、暗殺要人、搬運機密文件等。報酬為一百萬兩以上。
A級任務：關係到村子或國家等級之動向的任務。工作內容可能是依據他國的邀請參加戰爭、保護要人、討伐忍者部隊等。報酬為十五萬兩到一百萬兩。
B級任務：被預期可能要與敵人忍者交戰的任務。工作內容可能是依據他國的邀請參加戰爭、護衛、諜報工作、殺害忍者等。報酬為八萬兩到二十萬兩。
C級任務：執行任務者可能會受傷的任務。工作可能主要是依據他國的邀請參加戰爭、護衛、品行調查、捕獲或討伐猛獸等。報酬為三萬兩到十萬兩。
D級任務：不需要直接參與戰鬥或無生命危險的輕度任務。工作內容可能調查寵物下落、品行調查、幫助挖掘番薯或帶小孩等。報酬為五千兩到五萬兩。
兩的貨幣價值，一兩=十日圓。[1][2]
忍者五大國之間爆發的戰爭，規模波及整個忍界。類似現實中的世界大戰。
第一次忍界大戰
第二次忍界大戰
第三次忍界大戰
第四次忍界大戰