長期使用氫離子幫浦阻斷劑的研究很少。然而2017年7月3日由美國華盛頓大學醫學院(Washington University School of Medicine)發表在BMJ Open期刊的研究報告指出若是長期服用(一年以上),恐有死亡風險增加的疑慮。研究人員共收集分析2006年10月到2008年9月期間275,933名服用PPI患者的醫療記錄,同時記錄往後5年期間的死亡人數。[3]
發現長期使用PPI會導致像是維生素B12缺乏、腎臟疾病、困難梭狀芽孢桿菌感染腹瀉、低血鎂、骨折、心血管疾病、失智症都有潛在不明機制的關聯度。例如服用兩年PPI的患者,會比常人增加65%維生素B12缺乏的風險。出現腎衰竭的機率會比常人高出96%(約一倍),但總體機率還是不高所以無法論斷詳細機制,可能與體質和生活習慣等綜合作用有關。[3]2016年2月德國波恩神經退行性疾病研究所(Center for Neurodegenerative Diseases, Bonn)發表於JAMA Neurology的一項研究7.4萬名75歲以上銀髮族的醫療紀錄,發現其中2950人連續服用PPI超過18個月,與對照組相比這些銀髮族罹患失智症的比例似乎增加了44%。