Ông từng đảm nhận các chức vụ: Trưởng phân xã Thông tấn xã Việt Nam tại Argentina; Trưởng phòng tin Tham khảo (Ban tin Thế giới); Phó trưởng Ban tin Thế giới, Phóng viên chuyên trách đưa tin về hoạt động của Tổng Bí thư Đảng Cộng sản Việt Nam; Phó Tổng Giám đốc Thông tấn xã Việt Nam.
Ngày 1 tháng 10 năm 2011, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Tấn Dũng ký Quyết định số 1573/QĐ-TTg, bổ nhiệm có thời hạn đồng chí Nguyễn Đức Lợi, Bí thư Đảng ủy, Phó Tổng Giám đốc giữ chức Tổng Giám đốc TTXVN kể từ ngày 1/10/2011.
Ngày 17 tháng 4 năm 2017, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc ký Quyết định số 518/QĐ-TTg, Thủ tướng bổ nhiệm lại ông Nguyễn Đức Lợi, giữ chức vụ Tổng Giám đốc Thông tấn xã Việt Nam.
Ngày 1 tháng 6 năm 2021, Thủ tướng Chính phủ Phạm Minh Chính ký Quyết định số 857/QĐ-TTg, Thủ tướng Chính phủ quyết định ông Nguyễn Đức Lợi, Ủy viên Trung ương Đảng khóa XII, thôi giữ chức vụ Tổng Giám đốc Thông tấn xã Việt Nam.
Ngày 31 tháng 12 năm 2021, tại phiên chính thức Đại hội Đại biểu toàn quốc Hội Nhà báo Việt Nam đã công bố kết quả bầu Ban Chấp hành, Ban Kiểm tra và các chức danh Lãnh đạo Hội khóa XI. Ông Nguyễn Đức Lợi, nguyên Tổng Giám đốc TTXVN và ông Trần Trọng Dũng, Chủ tịch Hội Nhà báo Tp. Hồ Chí Minh được bầu làm Phó Chủ tịch Hội Nhà báo Việt Nam khóa XI.[3]
