У літню та зимову навігацію аеропорт обслуговує цивільні літаки авіакомпанії Северсталь (Canadair RJ200) та S7 Airlines (Airbus A320), раніше був також місцем базування військової авіації — 227-ї окремої вертолітної ескадрильї (вертольоти Мі-8).
На початку 1994 року аеропорт, що розташувався на колишньому військовому аеродромі, було відкрито для пасажирів. До відкриття аеропорту функції «другого аеропорту Мурманської області» виконував аеродром Кіровськ-Апатити, розташований поблизу 9-го кілометра автодороги Апатити-Кіровськ.
На початку 1994 року аеропорт, що розташувався на колишньому військовому аеродромі, було відкрито для пасажирів [джерело не вказано 1387 днів]. До відкриття аеропорту функції «другого аеропорту Мурманської області» виконував аеродром Кіровськ-Апатити, розташований поблизу 9-го кілометра автодороги Апатити-Кіровськ [джерело не вказано 1387 днів].
У 1996 році ГУАП Хібін перестало виконувати рейси та пізніше було визнано банкрутом. В 1997 на зміну прийшло ВАТ «Аеропорт».[2]
З 25 січня 2011 року виконувались рейси до Москви (Домодєдово) літаком Bombardier CRJ-200 авіакомпанії РусЛайн.
З 29 червня 2012 почали виконуватися регулярні рейси в Москву (Домодєдово) на літаку Ту-134А-3 авіакомпанії Центр-Південь.[3]
З 12 серпня 2013 — початок регулярних рейсів за маршрутом Апатити — Санкт-Петербург на літаку Ан-24РВ авіакомпанії Псковавіа.[4]
Наприкінці 2014 року було заявлено про намір надати аеропорту статусу міжнародного до 2016 року.[5]
У 2015 році Аеропорт «Хібіни» вперше у своїй історії прийняв Боїнг-737.[6]
З 1 квітня 2019 року з'явився новий рейс до Череповця.[8]
З 11 лютого 2022 до виконання рейсів з Санкт-Петербурга в «Хібіни» приступила авіакомпанія «Росія»[9], а з 26 грудня — з Москви (Шереметьєво) в Апатити почав літати «Аерофлот».[10]