У дорослому футболі дебютував 2004 року виступами за «Мірамар Місьйонес», в якому провів три з половиною сезони, взявши участь у 75 матчах чемпіонату.
У січні 2007 року став гравцем «Дефенсор Спортінга». Сезоні 2007/08 став один з найкращих сезонів в історії клубу, який за його підсумками втретє виграв чемпіонат Уругваю. Сам Фернандес в 32 матчах першості відзначився 15 забитими голами.
З серпня 2008 року Себа виступає за аргентинський«Банфілд». В апертурі 2009 року він склав ударну уругвайську зв'язку із Сантьяго Сільвою. «Банфілд» вперше у своїй історії став чемпіоном Аргентини.
У серпні 2010 року Фернандес перейшов у іспанську«Малагу» за 3,6 млн євро, ставши найдорожчим придбанням в історії клубу на той момент[1]. Він підписав чотирирічний контракт з клубом. 28 серпня у своєму дебютному матчі проти «Валенсії», Себа забив свій перший гол за новий клуб. Перший сезон Фернандес із 7 м'ячами закінчив другим найкращим бомбардиром команди[2].
21 листопада2012 року в матчі групового етапу Ліги чемпіонів проти «Зеніта», Феранадес забив гол і був визнаний найкращим футболістом матчу[3], проте поступово стратив місце в команді.
30 серпня2013 року перейшов в іспанський «Райо Вальєкано» на правах вільного агента, але через травму за команду майже не грав.
1 серпня2014 Фернандес повернувся на батьківщину, ставши гравцем «Насьйоналя» і в першому ж сезоні став з командою чемпіоном Уругваю. Наразі встиг відіграти за команду з Монтевідео 27 матчів в національному чемпіонаті.
