У 1991 році почав грати в очаківському «Маяку». Потім сім років виступав за «Миколаїв». Далі грав у вищій лізі за «Кривбас», донецький «Металург» і «Таврію». Чотири рази ставав бронзовим призером чемпіонату України. Під 19 номером увійшов у 50-ку з найкращих гравців криворізького «Кривбасу» за версією порталу Football.ua[1]. З 2005 року працював у тренерському штабі команди «Кривбас-2». З 2007 року — тренер МФК «Миколаїв».
Першою професійною командою Пономаренко в 1991 році став очаківський «Маяк». У 1992 році футболіст був запрошений до головної команди області — миколаївський «Евіс». У цій команді дебютував 1 серпня 1992 року у кубковій грі з «Благо». У першому ж матчі забив свій перший гол за «корабелів», що приніс перемогу миколаївцям з рахунком 2: 1. Через два тижні в домашньому поєдинку з сєвєродонецьким«Хіміком» Пономаренко відкрив рахунок голам у чемпіонатах України. За шість сезонів у Миколаєві став одним з лідерів команди. Двічі визнавався кращим футболістом області (1997 і 1998 роки). Вісім разів виводив команду на поле з капітанською пов'язкою. Найуспішнішим для Пономаренко в складі «корабелів» став сезон 1997/98 років, в якому СК «Миколаїв», так тепер називається команда, з великим відривом від другого місця виграв першу лігу. Після цього успіху четверо лідерів миколаївців — Лавренцов, Бугай, Пономаренко і Забранський — були запрошені в криворізький«Кривбас». Після цієї події протягом наступних майже п'ятнадцять років Пономаренко залишався останнім гравцем «корабелів», який був відпущений з клубу до вищого дивізіону за фінансову компенсацію[3].
У липні 1998 року Пономаренко дебютував у криворізькій команді. Колишні миколаївці Лавренцов і Пономаренко стали одними з тих, хто задавав тон у грі «Кривбасу», який став вперше в історії за підсумками сезону бронзовим призером чемпіонату України[4]. Після бронзового успіху «Кривбас» повинен був стартувати в Кубку УЄФА. 12 серпня 1999 року в стадіоні «Металург» у грі з азербайджанським«Шамкіром» на 8-й хвилині матчу Пономаренко відкрив рахунок європейським голам «Кривбасу»[1]. У складі «Кривбасу» 2000 року Пономаренко знову завоював бронзові медалі. Всього в криворізькій команді в період з 1998 по 2001 і 2004 роки провів 102 матчі, забив 11 голів.
Взимку 2001 року «Кривбас» почав відчувати фінансові труднощі[5]. Пономаренко перейшов у донецький«Металург»[6]. У Донецьку за три сезони додав до своїх досягнень ще дві бронзові медалі чемпіонату України (2002, 2003). У травні 2002 року головний тренер збірної УкраїниЛеонід Буряк викликав Пономаренко в збірну на турнір LG-cup, який проходив у Москві[7]. Під кінець кар'єри повернувся до «Кривбасу»[8], потім спробував свої сили в «Таврії», а звідти на запрошення Олександра Косевича перейшов на тренерську роботу в «Кривбас-2»[9] як граючий тренер.
У сезоні 2006/07 років повернувся в МФК «Миколаїв» і, зігравши 13 матчів, остаточно перейшов на тренерську роботу. Всього в миколаївській команді провів 234 гри і забив 27 м'ячів.
Кар'єра тренера
З травня 2007 року з перервами входить до тренерського штабу МФК «Миколаїв»[2]. 3 листопада 2013 роки після відставки Олега Федорчука, був призначений виконуючим обов'язки головного тренера МФК «Миколаїв»[10]. На цій посаді провів 3 матчі.
Стиль гри
Василь Гнатюк, оглядач порталу Football.ua, так охарактеризував футболіста: «мобільний, швидкий, вміє на швидкості запросто обіграти декілька суперників. При цьому Володимир добре бачить поле і читає гру: якщо партнер знаходиться у вигідній позиції, то Пономаренко тут же переадресує йому м'яч. Та й сам футболіст при нагоді не проти перевірити надійність воротаря суперника, а екзаменатор з Пономаренко будь здоров! Може і з гри пробити, може і стандартне положення вдало використовувати — майстерності Володимиру не позичати. До того ж, Володимир, якщо треба, зіграє і через не можу, поведе партнерів за собою, вселяючи тим самим надію на успішний результат зустрічі в серця вболівальників»[1].
Олександр Двойнисюк, журналіст газети «Миколаєвські новини», так охарактеризував футболіста: «… хавбека відрізняє в грі невтомність, мобільність, вміння „розкрити“ фланг суперника і зробити точну передачу партнеру. Плюс до всього — висока техніка і відмінно поставлений удар».
Особисте життя
Одружений. Дружина Олена. Син Олександр грає в футбол в аматорських командах[2].
