Заповідник створений Указом Президента України від 12 травня1998 року № 458 на площі 450,1 гектари з метою збереження у природному стані типових та унікальних степових природних комплексів Азовського узбережжя Криму і прилеглої акваторії.
До анексії Криму перебував під управлінням Міністерства охорони навколишнього природного середовища України. У 2018 році російська влада наділила заповідник статусом державного природного заповідника і віднесли його у відання Мінприроди Росії
Розташування
Заповідник розташований в Автономній Республіці Крим, Ленінський район, на північно-західному узбережжі Керченського півострова на мисі Казантип. З усіх боків він омивається водами Азовського моря і лише на півдні з'єднується із сушею вузьким піщаним перешийком.
Природні умови
За схемою фізико-географічного районування територія заповідника входить до Кримського степового краю Південно-степової підзони Степової зони. Рослинність за геоботанічним районуванням належить до Керченського округу Приазовсько-Чорноморської підпровінції Причорноморської (Понтичної) степової провінції Європейсько-Азійської степової області.
Клімат цього району помірно континентальний, посушливий, з жарким літом (максимальна температура для мису Казантип становить +35,7 °C), із посухами і суховіями та короткою, досить теплою зимою з періодичними нетривалими морозами та непостійним сніговим покривом (мінімальна температура −22,3 °C). Середньорічна температура повітря у цьому районі становить +10,8 °C. Безморозний період триває 200 днів. Кількість річних опадів становить 400 мм, їх найбільше випадає у літньо-осінній період. Панують північно-східні вітри, які часто досягають сили ураганів, характерними є тумани та підвищена вологість повітря.
Мис Казантип — одна з найцікавіших геологічних пам'яток Криму. Він складений моховатковими вапняками із Membranipora lapidosa. Зовнішня кільцева гряда Казантипу схожа на давній атол, а плоске дно котловини — на осушену лагуну. Проте насправді мис — це типова випукла брахіантикліналь з пологим нахилом пластів на її крилах. Він являє собою кільцеподібний риф, що утворився як острів при повільному піднятті морського дна ще в сарматський та меотичний періоди. Кільцева гряда з рифових вапняків вийшла на денну поверхню, створивши характерну для мису казаноподібну форму рельєфу, завдяки якій він і отримав свою назву — «Казантип», що в перекладі з тюркської означає «дно казана». Узбережжя мису надзвичайно розчленоване. Поверхня багатьох зовнішніх схилів є складним чергуванням цирків, карстових воронок, тріщин та хаотичним нагромадженням скель. Невеликі бухти узбережжя закінчуються вапняковими обривами, що переходять у степ.
Всього у флорі Казантипу налічується 541 вид судинних рослин, що становить дещо більше 40 % флори рівнинного Криму або близько 60 % флори Керченського півострова. З них відмічено 3 вузьколокальних, 17 кримських, 28 кримсько-новоросійських, 2 кримсько-таманські та понад 50 причорноморських і приазовських ендемів. У флорі заповідника зареєстровано також 30 видів мохоподібних, 75 видів лишайників, 28 видів водоростей. Тут зростають також 14 видів справжніх грибів.
До території заповідника входить прибережно-аквальний комплекс біля м. Казантип (56 га) — типове для цього біогеографічного регіону водно-болотне угіддя. Воно належить до водно-болотних угідь міжнародного значення і є особливо цінним для підтримання біологічного різноманіття регіону, місцем зосередження галофітних біоценозів та морських макролітів, має велике значення для підтримання життєдіяльності водоплавних птахів: чаплі великої білої, чаплі малої білої та огаря, який тут гніздиться. Цей аквальний комплекс є важливим місцем нересту, нагулу та зимівлі аборигенних видів риб.
Території ПЗФ, що входять до складу НПП
Нерідко, оголошенню національного парку або заповідника передує створення одного або кількох об'єктів природно-заповідного фонду місцевого значення. В результаті, великий НПП фактично поглинає раніше створені ПЗФ. Проте їхній статус зазвичай зберігають.
До складу території національного природного парку «Казантипський» входять такі об'єкти ПЗФ України:
Площа заповідника є незначною, і для підвищення ефективності охорони унікальних природних комплексів є потреба у розширенні його території за рахунок котловини м. Казантип, територій заказників «Астанійські плавні», «Караларський спеп» тощо, а також у створенні охоронної зони на акваторії Азовського моря біля м. Казантип.
