Збинек Фішер народився 20 січня1930 року в родині генерала армії Чехословацької Республіки перед Другою світовою війною. У тринадцять років втратив матір. Закінчив гімназію в 1947 році. Через фінансові причини відмовився від вищої освіти. Жебракував, займався контрабандою, кілька разів був заарештований. Виступав проти сталінізації країни, наростаючого антисемітизму. З кінця 1940-х виступав як поет-сюрреаліст, в 1949 брав участь в збірці "Єврейські імена". У 1950 році заснував видавництво "Північ". Першу книгу віршів опублікував у 1952 році. Вивчав філософію і психологію в Карловому університеті (1957-1961). Водночас працював сторожем в Національному музеї (до 1962), пізніше - бібліографом в Національній бібліотеці (до 1967 року). У 1967 отримав ступінь кандидата філософських наук. Під час Празької весни брав участь в «новому лівому» «Руху революційної молоді». У 1970-х писав тексти для знаменитої рок-групи The Plastic People of the Universe. У період нормалізації друкувався тільки в самвидаві, де, серед іншого, опублікував історію світової філософії в чотирнадцяти томах. Соціаліст з троцькістським, а потім з маоїстським ухилом, у філософії близький до марксизму, який з'єднував з буддизмом. Бонді знаходився в постійному конфлікті з офіційною ідеологією. Підписав Хартію-77. Після Оксамитової революції критикував постсоціалістичний режим в Чехії, роль і позицію США. У 1989 році переїхав у Тельч, а в 1993 році, у знак протесту проти розділу країни, перебрався в Братиславу, де до 1995 року викладав філософію в університеті. Прийняв громадянство Словаччини. Помер від опіків (заснув з непогашеною сигаретою, від якої загорілася нічна піжама).
За архівними документами, опублікованими в 2004, з 1952 по 1989 (з перервами) співпрацював зі Службою держбезпеки Чехословаччини.
Син від першого шлюбу - поет Збинек Фішер-молодший (народився у 1959 році).
Псевдонім
Збинек Фішер вперше взяв ім’я Егон Бонді в 1949 році, коли готував сюрреалістичнуантологію, усі автори якої прийняли єврейські псевдоніми.