Джефферсон Фарфан народився і виріс у столиці Перу, Лімі. У Джефферсона було важке дитинство, він ріс без батька. Його мати, Росаріо Гуадалупе, працювала танцівницею фестехо (перуанського народного танцю). Займатися футболом розпочав у Академії «Депортіво Мунісіпаль», де провів п'ять років. У сім років міг перейти в стан конкурента свого клубу — «Універсідад». Туди його запросив президент Альфредо Гонсалес. Втім треба оплатити форму, а сім'я Фарфана була бідною і Джефферсон не зміг перейти[2]
У 1998 році Фарфана придбав столичний клуб «Альянса Ліма».
«Альянса Ліма»
У 16 років Фарфан дебютував на дорослому рівні в рідному клубі «Альянса Ліма». Це сталося в день незалежності Перу — 28 липня 2001 року — 25 хвилин проти «Депортіво Ванка» поряд з рідним дядьком Роберто Фарфаном. «Альянса» перемогла в самому кінці — 2:1. Регулярно з'являтися на полі почав з 2002 року, а в наступних сезонах став ключовим гравцем основи. В сезонах 2002/03 та 2003/04 допоміг своїй команді виграти головний національний трофей.
ПСВ
У 2004 році почалася європейська кар'єра Фарфана. Він підписав п'ятирічну угоду з голландським клубом ПСВ, з яким пережив по-справжньому золоту епоху. Сума трансферу склала 2 млн євро. У складі «червоно-білих» Джефферсон дебютував в жовтні 2004 року в поєдинку проти «Геренвена». До кінця сезону провів 28 матчів регулярної першості, забивши 8 голів[3]. Разом з нідерландським клубом дійшов до півфіналу Ліги Чемпіонів 2004/05, забивши в 12 матчах 5 голів. Перший гол у єврокубках забив 20 жовтня, вразивши ворота «Русенборга» (2:1).
В наступних двох сезонах Фарфан забив по 21 голу в 31 матчі національної першості. За підсумками сезону 2006/07 став найкращим бомбардиром команди, а також був визнаний найкращим футболістом у себе на батьківщині[4]. За чотири роки в ПСВ Джефферсон провів 163 матчі і забив 71 гол. В жодному з сезонів він не залишався без чемпіонських титулів, ставши одним із найтитулованіших перуанських футболістів початку XXI століття. У березні 2008 року Фарфан оголосив, що не буде продовжувати угоду зі своїм нинішнім клубом[5]. На нього відразу ж було оголошене полювання, багато клубів прагнули роздобути у свої ряди талановитого форварда.
«Шальке 04»
У червні 2008 року німецький «Шальке 04» виграв суперечку на трансферному ринку за Джефферсона Фарфана в «Тоттенгем Готспур» та «Фіорентини»[6][7]. Фарфан підписав контракт з «Шальке» на 4 роки[8]. Команда з Гельзенкірхена заплатила за гравця збірної близько 10 млн євро. Дебютував в основі «Шальке» 10 серпня 2008 року в матчі Ліги Чемпіонів проти «Атлетіко». Провів на полі 70 хвилин і нічим, крім жовтої картки, не відзначився. Через місяць дебютував в рамках Бундесліги, відзначившись голом з пенальті у ворота дортмундської «Боруссії» (3:3). У дебютному сезоні забив 11 голів і роздав 7 гольових передач, ставши п'ятим гравцем Бундесліги за системою гол+пас.
У сезоні 2009/10 став безальтернативним форвардом «кобальтових», відзначившись 8 голами в 32 матчах Бундесліги. Фарфан став автором єдиного гола в принциповому «Рурському дербі» проти «Боруссії» (Дортмунд), а «Шальке» здобув першу виїзну перемогу в цьому протистоянні за шість років. Влітку 2010 року в «Шальке» прийшов форвард «Мілана»Клас-Ян Гунтелар. 16 серпня Джефферсон відзначився першим дублем за «кобальтових» у поєдинку Кубка Німеччини проти «Аалена». Автором двох гольових передач став голландський форвард. Разом з цими гравцями клуб з Гельзенкірхена завоював перший трофей за дев'ять років, обігравши у фіналі Кубка Німеччини «Дуйсбург» з рахунком 5:0. Фарфан став автором єдиного гола на стадії чвертьфіналу, вразивши ворота «Аугсбурга» (0:1). У повторному матчі 1/8 фіналу Ліги чемпіонів УЄФА 2010/11 Фарфан забив два м'ячі у ворота «Валенсії» і приніс своїй команді перемогу.
У сезоні 2011/12 Джефферсона почали переслідувати травми. До того ж в стан «кобальтових» перейшла легенда «Реал Мадрида»Рауль Гонсалес, який зумів нав'язати конкуренцію перуанському форварду, змусивши того сісти на лаву запасних. По ходу сезону відзначився трьома голами, забивши єдиний м'яч у виїзному поєдинку проти «Баєра 04» (0:1)[9] — основного конкурента «Шальке» у боротьбі за третє місце, а також відзначившись вже рядовим голом у ворота дортмундської «Боруссії», яка, незважаючи на це, обіграла своїх сусідів з рахунком 2:1 і оформила чемпіонство. В кінці серпня 2012 року Фарфан продовжив контракт з «гельзенкірхенцями» до 2016 року[10].
У дебютному матчі сезону 2012/13 проти «Аугсбурга» став автором трьох гольових передач на Гунтелара, Джонса і Пападопулоса. У тому сезоні Бундесліги забив 6 голів, три з яких виявилися переможними. 18 січня 2013 року Фарфан відкрив рахунок на 46-ій хвилині в домашньому матчі проти «Ганновера». Протягом наступних 45 хвилин суперники забили ще 8 голів, а Фарфан віддав гольову передачу на Льюїса Голтбі, який став автором переможного м'яча — 5:4.
Сезон 2013/14 міг стати найуспішнішим в кар'єрі Фарфана. У дебютному матчі проти «Гамбурга» він відзначився гольовою передачею на Юліана Дракслера. Потім сам вже вражав ворота «ПАОКа» (1:1) та «Баєра» (2:0). На відрізку листопад-грудень Фарфан зумів забити 7 голів, оформивши дубль у ворота «Штутгарта» (3:0).
Повернувшись із зимової перерви, перуанський форвард відзначився відмінним пострілом зі штрафного, вразивши ворота «Гамбурга». Цей м'яч був визнаний кращим у січні. У цьому ж матчі Фарфан отримав невелику травму стегна, яка згодом посилилася й вибила його з гри до кінця сезону. Згодом Джефферсон взяв участь в одному з квітневих матчів, а також вийшов на заміну в поєдинку передостаннього туру проти «Нюрнберга» і відзначився черговим чудово виконаним стандартом. Цей гол у підсумку увійшов у п'ятірку найкрасивіших голів Бундесліги сезону 2013/14. На одному з товариських матчів передсезонного турне 2014/15 Фарфан отримав травму коліна, знадобилося термінове хірургічне втручання, і гравець вилетів на вісім місяців[11].
«Аль-Джазіра»
20 липня 2015 року було оголошено про досягнення принципової домовленості між «Шальке» і еміратським клубом «Аль-Джазіра» щодо трансферу Фарфана[12]. 23 липня Джефферсон пройшов медогляд у новому клубі, який запропонував гравцеві зарплату в розмірі 10 мільйонів євро в рік; сума трансферу склала 7 мільйонів євро[13]. Однак у Еміратах заграти не вдалося. Провівши всього 12 матчів і забивши 4 голи, клуб розірвав договір, бо перуанець неодноразово порушував деякі пункти в особистому контракті[14]. У складі «Аль-Джазіри» Джефферсон виграв Кубок президента.
«Локомотив»
29 січня 2017 року Фарфан підписав контракт з московським «Локомотивом»[15]. 1 квітня забив перший м'яч у дебютному гостьовому матчі проти «Уфи» (0:1). 21 липня року забив другий гол за клуб в гостьовому матчі другого туру проти ЦСКА, матч завершився перемогою (1:3). 29 жовтня року оформив дубль і віддав гольову передачу Олексію Міранчуку в гостьовому матчі проти «Зеніта», матч завершився перемогою (0:3)[16]. 23 листопада оформив дубль у домашньому матчі 5-го туру групового етапу Ліги Європи проти «Копенгагена» (2:1). 2 грудня в домашньому матчі проти казанського «Рубіна» забив гол в кінцівці матчу, і приніс перемогу своєму клубу (1:0). 7 грудня у заключному турі групового етапу Ліги Європи УЄФА, в гостьовому матчі проти чеського клубу «Злін» забив гол, матч завершився перемогою (0:2). 11 грудня року оформив дубль у ворота «Тосно». Матч завершився перемогою з рахунком 3:1. 4 червня московський клуб продовжив контракт з перуанцем на два роки. У сезоні 2017/18 Фарфан став найкращим бомбардиром команди, забивши 14 м'ячів у 32 матчах[17] і допоміг клубу вперше за 14 років виграти чемпіонат Росії.
Виступи за збірні
2001 року дебютував у складі юнацької збірної Перу, взяв участь у 7 іграх на юнацькому рівні, відзначившись 7 забитими голами.
Протягом 2003—2004 років залучався до складу молодіжної збірної Перу. На молодіжному рівні зіграв в 11 офіційних матчах, забив 1 гол.
Брав активну участь у відбірковій компанії до чемпіонату світу 2014 року. Збірна Перу вдало почала, набравши 4 очки в перших двох матчах проти Венесуели 2:1 (обидва м'ячі на рахунку Фарфана) і Аргентини (1:1). Однак потім перуанська дружина помітно здала і не зуміла пробитися на фінальний турнір, який проходив у сусідній Бразилії.
Наступного року був учасником розіграшу Кубка Америки 2015 року у Чилі, де зайняв з командою на третє місце. Фарфан також був ключовим виконавцем для Перу під час кваліфікації на чемпіонату світу 2018 року, де він забив 3 голи. Крім цього Джефферсон забив один з двох голів у домашній перемозі 2:0 проти Нової Зеландії в рамках міжконтинентального плей-оф за право зіграти на мундіалі. Ця перемога дозволила перуанцям вийти на чемпіонат світу 2018 року у Росії після 36-річної відсутності, куди поїхав і сам Фарфан[20].