Гамфрі Маршалл народився 10 жовтня1722 року у сім'ї Авраама та Мері Гант Маршалл у районі сучасного села Маршалтон в окрузі Честер на території Пенсільванії[2]. Він був родичем Джона та Вільяма Бартрама. У молодості працював каменярем. 16 вересня1748 року одружився з Сарою Пеннок, згодом став господарем батьківської ферми у Пенсильванії. Під впливом Бартрама Гамфрі зацікавився ботанікою та астрономією, став вивчати місцеву деревну флору.
У 1767 році Маршалл став господарем сімейного маєтку.[3] У 1773 році він вирішив заснувати у Маршалтоні ботанічний сад, другий в Америці після заснованого Дж. Бартрамом. Після його смерті, однак, цей сад був закинутий.
1785 році Маршалл опублікував книгу Arbustrum americanum — каталог відомих йому американських видів чагарників та дерев.
1786 році Гамфрі був обраний членом Американського філософського товариства. У тому ж році померла дружина, Сара Маршалл, через два роки Гамфрі одружився з Маргарет Міншол. Через деякий час зір ботаніка став погіршуватися.