Він народився в селі Згорня Шишка, яке сьогодні є частиною Любляни. В Любляні закінчив початкову та середню школу. Згодом він у францисканських монастирях готувався до священичого покликання . Служив священиком з 1784 в Сорі, з 1785 по 1788 рік в Бледі, потім до 1792 р в Рибніці, де він познайомився з Жигою Зойсом, який допоміг йому повернутися до Любляни, де з осені 1798 р. вфн обіймав посаду професора гімназії.[7]
Під впливом Марка Похліна він зацікавився рідною мовою і близько 1775 року почав писати вірші словенською.[7] Його перші вірші — Zadovolni Krajnc та Pesma na moje rojake — були опубліковані у збірнику Марка Похліна Pisanice . В 1806 р. Воднік видав першу збірку словенських віршів — Pesme za pokušino, за якою незабаром вийшла збірка Pesmi za brambovce .[9] Творчість Водніка була проста, нескладна та з патріотично- сатиричним відтінком.[10] Воднік також у 1797—1800 роках видавав першу газету словенською — Lublanske novice .[11]
Після створення Іллірських провінцій Воднік став радником французької влади та його симпатії до Французів висловив в 1809 році в пафосному вірші Ilirija oživljena (Воскресла Іллірія). Пізніше його ставлення дозволило потрапити словенській до крайнських шкіл.[8]
В 1811 р. він опублікував першу словенську граматику словенською мовою — Pismenost ali gramatika se perve shole, попередні твори були написані латинською або німецькою.[12][13]
ВІдразу після відновлення австрійського панування над колишніми Іллірськими провінціями, Воднік був достроково звільнений і вилучений з громадського життя.[10] Він помер у Любляні того ж року, що і його прихильник Жига Зойс, до кола інтелектуалів якого він належав.[11]
На додаток до першої граматики словенською мовою (1811), він був автором Abeceda in azbuka (1812), кулінарної книги Kuharske bukve (1799) та довідника для акушерок Babištvo ali porodničarski vuk (1818).[7][9]
З нагоди 250-річчя з дня народження Водніка в 2008 році Банк Словенії випустив ювілейну золоту монету номіналом в сто євро та срібну монету номіналом в тридцять євро.[9]