Викладач Одеського політехнікуму образотворчих мистецтв (з 1926), Одеського художнього інституту (з 1929) і проф. Київського художнього інституту (1936—1965).
У середині 30-х років портретованими Шовкуненка стають робітники суднобудівного заводу та молдавські колгоспниці. На Одеському суднобудівному заводі художник створює такі картини як «Портрет бригадира ударної бригади ковалів Бєльцова» (1935), «Портрет стахановців-фрезерувальників Рудашевського та Гейдріха» (1935—1936). Особливістю цих портретів, зазначає Ігор Шаров є те, що вони, чи не найперші в українському мистецтві показують робітників у цехах, у трудовій обстановці. Це надає картинам певного напруження, відтворює художній ритм. Художник вдається до складного освітлення, побудувавши колорит на зіставленні теплих, червонувато-жовтих і холодних, сірувато-блакитних тонів.
Найкращим у циклі портретів молдавських колгоспниць є картина «Декіца Фрунзе», сповнена неприхованої національної своєрідності. Автор створив образ жінки-селянки, милуючись її вродою, підкресливши натхненність її обличчя.
Краєвиди України («Повінь. Конча Заспа», «Дуби» (1953), «Дуби на галявині» (1956)), Молдови, Кавказу, Уралу, Кабардино-Балкарії, Башкирії; зокрема індустріальні серії з будов Одеси (1925—1935), «Дніпробуду» (1930—1935, понад 70 аркушів), Луганська та ін.
1937 року за акварелі із серії «Дніпробуд» здобув золоту медаль на паризькій міжнародній виставці «Мистецтво і техніка в сучасному житті».
Відомі також натюрмортиОлексія Шовкуненка («Натюрморт з синім глечиком» (1930) та інші).
