Народився 15 липня1976 року в місті Рафелбуньйол. Вихованець футбольної школи клубу «Леванте». Дорослу футбольну кар'єру розпочав 1994 року в основній команді того ж клубу, в якій провів три сезони, взявши участь у 48 матчах чемпіонату.
Своєю грою за цю команду привернув увагу представників тренерського штабу «Валенсії», до складу якої приєднався влітку 1997 року, підписавши контракт на три роки. Дебют Хуанфрана в чемпіонаті Іспанії за «Валенсію» відбувся 31 серпня1997 року проти «Мальорки», який завершився поразкою «Валенсії» з рахунком 2:1. У загальній складності Хуан провів 50 матчів за «Валенсію», а також в своєму останньому сезоні в клубі став володарем Кубка Іспанії, а за рік до того ставав володарем Кубка Інтертото.
У 1999 році Хуанфран перейшов у «Сельту» з Віго, сума трансферу склала 4 млн євро. Хуанфран відразу став беззаперечним гравцем оборони «Сельти», провівши в першому сезоні 27 матчів і забивши 2 м'ячі, а також вдруге у своїй кар'єрі став володарем кубка Інтертото. Всього за «Сельту» Хуанфран провів 126 матчів і забив 5 м'ячів. Після того як «Сельта» в сезоні 2003/04 покинула Ла Лігу, Хуанфран залишив клуб[1] і перейшов у турецький«Бешикташ»[2]. В «Бешикташі» Хуан провів один сезон, провівши 13 матчів і забивши 1 гол.
Після повернення з оренди Хуанфран домовився з «Бешикташом» про розірвання договору і перейшов на правах вільного агента в іспанську «Сарагосу»[4], де протягом двох сезонів був основним гравцем оборони клубу. У сезоні 2007/08 «Сарагоса» вилетіла до Сегунди, і Хуанфран перейшов у грецькийАЕК, підписавши 30 липня2008 року контракт на два роки[5].
На початку 2010 року повернувся до складу рідного «Леванте», якому в першому ж сезоні допоміг вийти в Ла Лігу, де і продовжив виступати з клубом в статусі капітана. Всього встиг відіграти за валенсійський клуб 152 матчі в національному чемпіонаті.