Народився 16 вересня1989 року в місті Анагайм, штат Каліфорнія, в родині мексиканських батьків. Коли Хорхе було 5 років, його батьки розлучилися, і мати вирішила з сином повернутися в Мексику, в місто Пенхамо, штат Гуанахуато[1]. Коли хлопцю виповнилось 7 років, його мати повернулася до Каліфорнії, щоб працювати і відправляти гроші своїй родині, але через проблеми міграції Хорхе залишився у Мексиці під опікою своїх бабусь і дідусів[2]. У 15 років Хорхе вирішив повернутися в Сполучені Штати, щоб приєднатися до своєї матері і почав навчання в середній школі Анагайму[3]. У той же час він грав за аматорську футбольну команду «Санта-Ана ДСП Ювентус»[4], що виступала у Coast Soccer League, з якою 2006 року виграв турніри Harvest Cup i California Cup[5].
У 2007 році Хорхе переміг у першому сезоні реаліті-шоуSueño MLS[en], проведеного MLS з метою виявлення кращих серед невідкритих юних талантів для подальшого їх навчання в академіях клубів ліги, що передбачає для них в перспективі можливість стати професійними гравцями, за що і отримав прізвисько Sueño (ісп.мрія), і приєднався до академії «Чівас США»[6].
У липні 2007 року «Чівас США» підписали з Хорхе професійний контракт[7]. У матчі проти «Нью-Йорк Ред Буллз» він дебютував в MLS. 15 травня 2008 року в поєдинку проти «Ді Сі Юнайтед» Хорхе забив свій перший гол за «Чівас»[8]. Всього за 7 років зіграв за «Чівас» у 88 іграх чемпіонату і забив 7 голів, проте основним гравцем не став.
У 2014 році Вільяфанья був обміняний в «Портленд Тімберс». 18 травня в матчі проти «Коламбус Крю» він дебютував за нову команду, замінивши у другому таймі Максімільяно Урруті[9]. 5 липня в поєдинку проти «Лос-Анджелес Гелаксі» Хорхе забив свій перший гол за «Тімберс»[10]. У 2015 році Вільяфанья допоміг команді вперше в історії виграти кубок MLS. Всього відіграв за команду з Портланда три сезони своєї ігрової кар'єри, зігравши в 58 матчах і забивши 2 голи.
Після перемоги в кубку MLS Вільяфанья був проданий в мексиканський клуб «Сантос Лагуна»[11], сума угоди за даними журналістів склала трохи більше $1 млн[12]. 10 січня в матчі проти «Леона» він дебютував у мексиканській Прімері[13]. Відтоді встиг відіграти за команду з Торреона 32 матчі в національному чемпіонаті.
25 січня 2017 року тренер збірної СШАБрюс Арена викликав Вільяфанью в тренувальний табір команди напередодні товариських матчів зі збірними Сербії 29 січня і Ямайки 3 лютого[17]. У матчі з Сербією, вийшовши на заміну на 69-й хвилині замість Грега Гарси, Хорхе дебютував за першу національну збірну[18]. У матчі з Ямайкою він вперше вийшов у стартовому складі американців[19].