Почавши сезон 1998-99 у «Мальорці», в січні Франсиско був відправлений в оренду до «Малаги», де став гравцем основи, допомігши команді пробитися до Прімери[5].
Після двох вдалих сезонів Руфете перейшов до «Валенсії». І хоча він не потрапляв одразу до стартового складу, але все одно мав хорошу ігрову практику в новій команді. У 27-му турі сезону 2003-04 дубль Руфете приніс «Валенсії» важливу перемогу над «Сельтою» 2-0[6], а через місяць він став героєм матчу Кубка УЄФА проти «Бордо».
В середині липня 2009 року Франсиско Руфете покинув «Еспаньйол» і перебрався поближче до домівки, підписавши дворічний контракт з «Еркулесом»[9]. За перший сезон у команді, будучи у віці 32-33 років, він провів близько 2000 хвилин на полі, допомігши клубу повернутися до Прімери після 13-річної відсутності[10].
В кінці 2011 року Руфете покинув «Еркулес» після відмови керівництва клубу продовжувати з ним контракт, та, незабаром, завершив кар'єру[11].
Через два роки після завершення кар'єри футболіста Руфете повернувся в структуру футбольного клубу «Валенсія», де спочатку був координатором у справах молодіжних команд[13], а пізніше отримав посаду спортивного директора клубу[14].
