Перші тринітарії прибули до Львова 1685 року з Іспанії. Поступово вони придбали кілька будинків у львівському середмісті, де влаштували тимчасовий монастир.
22 серпня1693 року затвердили перший документ стосовно фундушів монахам. Миколай Стшалковський записав у 1694 році 40000 злотих для монастиря.[4] Також заповів ченцям земельну ділянку на Галицькому передмісті і кошти на будівництво.
Дерев'яний монастир на мурованому фундаменті було споруджено 1694 року. Через 2 роки завершено будівництво дерев'яного костелу святого Миколая. У 1739—1745 роках коштом Самуеля Мухавецького та Яна Яблоновського споруджено сучасну будівлю. 1769 року сталась пожежа. Відбудова тривала до 1777 року. 1782 року орден тринітаріїв був скасований — 9 капланів, 3 брати, що мешкали тут, змушені були залишити святиню.
Інвентар 1783 року засвідчив, що у костелі було 10 вівтарів (включно із головним), амвон, 9-голосний орган на хорах. 1790 року костел став парафіяльним, а у кляшторі розмістилась плебанія. 1837 року храм віддано під опіку Єзуїтам. У 1853 році поруч із костелом, у будинку Єзуїтського конвікту був розташований Львівський університет. 1903 року завершено реставрацію під керівництвом Міхала Лужецького.
Авторство проєкту приписують італійцеві Франческо Плачиді. Будівельником, ймовірно, був чернець-тринітарій Казимир Гронацький, уродженець Любліна.
Архітектура
Костел тринавний, перекритий напівциркульними склепіннями з розпалубками. Фасад завершено традиційним для свого часу фронтоном з волютами. Площина фасаду розчленована пілястрами і значно розвинутими карнизами.
Інтер'єр виконаний в стилі рококо та прикрашений пишною ліпниною, різьбленням по дереву і скульптурою. Автором ліпного декору, виконаного в 1746 році, був чернець Л. Печицький (з Підляшшя). Вівтарна дерев'яна скульптура належить майстру Себастьянові Фесінґеру.
З 1796 року перед храмом стояла статуя святого Яна Непомука, яка перед тим розташовувалася біля мосту через Полтву на Галицькому передмісті, потім — на Академічній площі.[6]